ก่อนหน้านี้ รองแม่ทัพภาคที่ 4 พลตรี จตุพร กลัมพสุต ได้นำกำลังเข้าตรวจสอบโรงเรียนเอกชนหลายแห่งในพื้นที่ชายแดนใต้ และพบบัตรเอทีเอ็มของครูจำนวนมาก จึงทราบว่าโรงเรียนบางแห่งยึดบัตรเอทีเอ็มของครูเอาไว้ จากนั้นก็เบิกเงินเดือนให้ครูต่ำกว่ายอดที่ควรได้รับจริง ทำให้ต่อมา นายชลำ อรรถธรรม เลขาธิการคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน ได้ทำหนังสือถึงสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด หรือ "สช.จังหวัด" ในพื้นที่ชายแดนใต้ ให้เข้าไปตรวจสอบการจ่ายเงินเดือนครูไม่ครบ 15,000 บาท โดยย้ำว่าเป็นการกระทำที่ไม่ถูกต้อง ขัดกับระเบียบกระทรวงศึกษาธิการล่าสุด "ทีมล่าความจริง" ยังได้ข้อมูลเพิ่มเติมมาว่า ทางกระทรวงฯมีนโยบายให้ทบทวนบทบาทและอำนาจหน้าที่ของ สช.จังหวัด และ สช.อำเภอในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ด้วย กระทั่งมีข่าวลือในพื้นที่ว่า กระทรวงศึกษาฯ เตรียมยุบ สช.จังหวัดและอำเภอ ซึ่งมีเฉพาะในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ 5 จังหวัด คือ ปัตตานี ยะลา นราธิวาส สงขลา และสตูล เท่านั้น ส่วนพื้นที่อื่นๆ ของประเทศไม่มีสำนักงาน สช.จังหวัด มีแต่ศึกษาธิการจังหวัดจากนโยบายนี้ กระทรวงศึกษาฯได้มีหนังสือสั่งการให้ตั้งคณะทำงานทบทวนบทบาทอำนาจหน้าที่ของ สช.จังหวัด และ สช.อำเภอในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อปรับปรุงโครงสร้างให้สามารถส่งเสริมนักเรียนซึ่งรับการศึกษาในโรงเรียนเอกชนได้มีคุณภาพมากยิ่งขึ้นประเด็นที่กระทรวงศึกษาฯสั่งการให้คณะทำงานไปพิจารณา คือ 1.รายละเอียดเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของ สช.จังหวัด ว่าได้ปฏิบัติงานเกี่ยวกับการจัดการศึกษาเอกชนอย่างไร และเรื่องใดบ้าง 2.ข้อดี ข้อเสีย และผลกระทบของการมี สช.จังหวัด และอำเภอในพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ 3.ปัญหาและอุปสรรคในการเบิกจ่ายงบประมาณ เงินอุดหนุนรายบุคคล อุดหนุนเรียนฟรี 15 ปี เงินอุดหนุนด้านกายภาพ และการจ่ายเงินเดือนครูของโรงเรียนเอกชนในพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้
4.การปฏิบัติงานด้านวิชาการของ สช.จังหวัด มีเจ้าหน้าที่ที่ทำหน้าที่โดยตรงเพื่อสนับสนุนงานด้านวิชาการให้แก่โรงเรียนเอกชนในพื้นที่หรือไม่ อย่างไร และ 5.สช.จังหวัดและอำเภอในพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีส่วนช่วยแก้ไขปัญหาความมั่นคงและดูแลคุณภาพการจัดการศึกษาเอกชนอย่างมีประสิทธิภาพหรือไม่ อย่างไรหนังสือสั่งการของกระทรวงศึกษาธิการ ได้กำหนดให้มีการชี้แจงข้อเท็จจริงทั้งหมดไปยังสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาฯ ด้วย โดยเจ้าหน้าที่ระดับสูงจากองค์กรตรวจสอบองค์กรหนึ่งในจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้ข้อมูลว่า สาเหตุที่มีการตั้งคณะทำงานขึ้นมาตรวจสอบบทบาทและอำนาจหน้าที่ของ สช.จังหวัด และ สช.อำเภอในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ก็เพราะพบปัญหา "นักเรียนผี" และการจ่ายเงินเดือนครูไม่ครบตามอัตราที่รัฐกำหนด ซึ่งบางกรณีโยงไปถึงปัญหาความมั่นคง และยังมีปัญหาเรื่องการเบิกจ่ายงบอุดหนุนนมโรงเรียน ตลอดจนค่าอาหารกลางวันเด็กด้วยด้าน นายชลำ อรรถธรรม เลขาธิการคณะกรรมส่งเสริมการศึกษาเอกชน ได้เรียกประชุมเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องเรื่องเงินอุดหนุนรายหัวนักเรียน และเงินสมทบเงินเดือนครู เข้าหารือเมื่อวันศุกร์ที่ 16 พฤศจิกายน ได้ข้อสรุปเบื้องต้นว่า สาเหตุของปัญหาเกิดจากการที่ "เงินอุดหนุนรายบุคคล" ในส่วนที่สมทบเป็นเงินเดือนครู ไม่เพียงพอกับค่าตอบแทนครู โดยผู้แทนประธานคณะกรรมการประสานงานและส่งเสิมการศึกษาเอกชนจังหวัด หรือ ปส.กช. ก็ยอมรับว่ามีปัญหาในทุกพื้นที่ ไม่เฉพาะภาคใต้ปัจจุบันกระทรวงศึกษาฯไม่ได้จ่ายเงินเดือนครูโดยตรง แต่จะสมทบไปกับเงินอุดหนุนรายบุคคลของนักเรียนในอัตราคนละ 7,224.50 บาทต่อคนต่อปี สำหรับระดับก่อนประถมและประถมศึกษา และ 9,032.50 บาท ต่อคนต่อปี สำหรับระดับมัธยมศึกษา ซึ่งเงินยอดนี้เป็นเงินสมทบเงินเดือนครู ทางโรงเรียนต้องไปใช้จ่ายรวมกับค่าใช้จ่ายพื้นฐานอื่นๆ แต่ต้องนำเงินจ่ายเป็นเงินเดือนครูเป็นอันดับแรก ที่เหลือจึงจะจ่ายเป็นค่าจัดการเรียนการสอน ค่าพัฒนาสื่อการสอน วัสดุ อุปกรณ์ ครุภัณฑ์ ตลอดจนปรับปรุงอาคารสถานที่ โดยพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน ได้กำหนดให้โรงเรียนเป็นผู้จ้าง บรรจุ และจ่ายเงินเดือนครูเอง ฉะนั้นหากโรงเรียนบรจจุครูมากเกินไป จะทำให้เป็นปัญหาค่าตอบแทนเงินเดือนครูไม่เพียงพอ และไม่มีเงินเหลือเพื่อการพัฒนาการเรียนการสอนในส่วนอื่นๆดังนั้นการแก้ปัญหาจึงต้องกำชับให้โรงเรียนบรรจุครูและบุคลากรในสัดส่วนที่เหมาะสม และต่อไป สช.อาจต้องกำหนดมาตรฐานการบรรจุครู ส่วนการเรียนการสอนบางเนื้อหาที่จำเป็นต้องหาผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้านมาสอน อาจจะต้องพิจารณาจ่ายเงินตอบแทนเป็นวิทยากรรายชั่วโมง ซึ่งเป็นการลดภาระค่าตอบแทนรายเดือนลงได้ ขณะเดียวกัน สช.ก็อาจเสนอให้มีการปรับเงินอุดหนุนสมทบเป็นเงินเดือนครูเพิ่มเติมต่อไปนี่คือท่าทีล่าสุดจาก สช. ที่วันนี้มาแบบซอฟท์กว่าเดิม คือยอมรับว่าเงินอุดหนุนรายหัวนักเรียนไม่เพียงพอที่จะนำไปจ่ายเงินเดือนครูได้ทั้งหมด ทางแก้ปัญหาเฉพาะหน้าคืออย่าจ้างครูเยอะเกินไป และหากจำเป็นต้องจ้างมาสอนในเนื้อหาพิเศษ ก็อาจปรับรูปแบบเป็นการจ้างรายชั่วโมง จะได้จ่ายค่าตอบแทนถูกลง แต่ทั้งหมดนี้เป็นกรณีของโรงเรียนที่ไม่มีพฤติกรรมฉ้อฉลนะ ยังมีประเภทจ้างลูกหลานตัวเองมารับเงินเดือนครูทั้งที่ไม่มีวุฒิครู หรือนำไปจ้างคนที่มีลักษณะเป็นภัยต่อความมั่นคง แบบนี้ต้องแยกออกมาเป็นอีกปัญหาหนึ่ง