ผลการศึกษาของคณะกรรมการปฏิรูปแนวทางและมาตรการปกป้องพิทักษ์กิจการพระพุทธศาสนา ในสภาปฏิรูปแห่งชาติ หรือ สปช. ระบุว่า รูปแบบการปกครองคณะสงฆ์ ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ปี 2505 มีลักษณะรวมศูนย์อำนาจ ขาดการตรวจสอบถ่วงดุลที่ดี ทำให้มีผลประโยชน์ทับซ้อนเกิดขึ้นอย่างกว้างขวาง
อย่างเช่น การแต่งตั้ง "เจ้าคณะภาค" เพื่อปกครองคณะสงฆ์ในส่วนภูมิภาค เป็นอำนาจของกรรมการมหาเถรสมาคม ทำให้มหาเถรฯเห็นชอบให้พระภิกษุในสายของตนเองไปดำรงตำแหน่งเจ้าคณะภาค หนำซ้ำบางรูปยังเป็นกรรมการมหาเถรสมาคมไปพร้อมกันด้วย ขณะที่เจ้าคณะภาคเองก็มีอำนาจแต่งตั้งเจ้าคณะจังหวัด , เจ้าคณะอำเภอ เรื่อยลงไปจนถึงเจ้าคณะตำบล จนกลายเป็นการผูกขาดอำนาจการปกครองสงฆ์ทั้งประเทศส่วนอำนาจในการดูแลวัด กฎหมายก็ให้อำนาจเบ็ดเสร็จเด็ดขาดแก่ "เจ้าอาวาส" เพียงรูปเดียว
ฉะนั้นวิธีการแก้ไขโครงสร้างแบบกลับด้าน 180 องศา ต้องเริ่มจากการยกเลิกอำนาจเบ็ดเสร็จของเจ้าอาวาสเสียก่อน ด้วยการให้มี "คณะปกครองสงฆ์" ขึ้นมาแทน โดย "ประธานคณะปกครองสงฆ์ในวัด" ก็คือเจ้าอาวาส แต่ไม่ได้มีอำนาจเด็ดขาดเพียงรูปเดียว เพราะพระภิกษุในวัดจะมีส่วนร่วมในปกครองวัดด้วย ในรูปของ "คณะกรรมการ"
ส่วนตำแหน่งปกครองสงฆ์ในระดับ "เจ้าคณะตำบล" ให้ยกเลิกไป เพราะไม่มีประโยชน์ ให้มีเฉพาะระดับ "เจ้าคณะอำเภอ" แต่เปลี่ยนใหม่เป็น "คณะปกครองสงฆ์อำเภอ" คล้ายๆ กับ "คณะปกครองสงฆ์ในวัด" โดยให้พระภิกษุในอำเภอนั้นๆ เสนอชื่อ แล้วเลือกผู้ที่ได้รับการเสนอชื่อมากที่สุด 7 ลำดับแรกเป็น "คณะปกครองสงฆ์อำเภอ"
เมื่อมี "คณะปกครองสงฆ์อำเภอ" แล้ว ก็เลือกตัวแทนจากทุกอำเภอไปเป็น "คณะปกครองสงฆ์จังหวัด" และระดับจังหวัดก็เลือกคณะปกครองสงฆ์ประเทศ ส่วนมหาเถรสมาคม ก็ปรับบทบาทไปเป็นที่ปรึกษาของสมเด็จพระสังฆราช
แนวคิดนี้คล้ายๆ กับข้อเสนอของ "หลวงปู่พุทธะอิสระ" หรือ พระสุวิทย์ ธีรธมฺโม เจ้าอาวาสวัดอ้อน้อย จังหวัดนครปฐม ที่อยากให้ทุกฝ่ายย้อนกลับไปพิจารณารูปแบบการปกครองคณะสงฆ์ ก่อนจะมีพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ในปี 2505 ซึ่งเป็นรูปแบบ "สภาสังฆมณฑล" แยกเป็นภาคๆ มีอำนาจในการจัดการปัญหาต่างๆ ของสงฆ์ในพื้นที่นั้นๆ ไม่ใช่รวมศูนย์ไว้ที่มหาเถรสมาคมแห่งเดียวดัง มีอำนาจดูแลทั่วประเทศแบบปัจจุบัน
หลวงปู่พุทธะอิสระ แสดงความเห็นทั้งจากการให้สัมภาษณ์และโพสต์ข้อความในสื่อสังคมออนไลน์หลายครั้งว่า การจะแก้ปัญหาในวงการผ้าเหลืองได้ชะงัด ต้องยุบมหาเถรสมาคม เหลือไว้แต่สมเด็จพระสังฆราช จากนั้นก็คัดสรรพระจากสังฆมณฑลต่างๆ เข้ามาทำหน้าที่กรรมการมหาเถรสมาคม แยกงานแยกฝ่ายกันรับผิดชอบตามความสามารถอย่างชัดเจน พร้อมทั้งตั้ง "ตำรวจพระ" คอยติดตามพฤติกรรมของภิกษุ และดูแลความสงบเรียบร้อยในวงการสงฆ์ด้วย
ข้อเสนอเหล่านี้นับว่าท้าทายทั้ง "ศาสนจักร" และ "สังคมไทย" อย่างยิ่ง เพราะเป็นการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในระดับพลิกฟ้าพลิกแผ่นดิน จึงไม่ใช่เรื่องง่ายที่จะผลักดันให้สำเร็จ แต่หากยังอยู่นิ่งๆ ต่อไป ไม่ผ่าตัดอะไรเลย วงการสงฆ์ก็จะอยู่ท่ามกลางข่าวฉาว ซึ่งไม่ใช่แค่เรื่องเงินทอนวัด เงินอุดหนุนการเรียนการสอนพระปริยัติธรรม และงบเผยแผ่พระพุทธศาสนาเท่านั้น แต่ยังมีโครงการอื่นๆ อีกมากมายที่รอคิวถูกตรวจสอบ โดยเฉพาะโครงการพระธรรมทูต