ในรัชสมัยของรัชกาลที่ 9 นั้นไม่มีวัดประจำรัชกาลประกาศอย่างเป็นทางการ แต่วัดบวรนิเวศราชวรวิหารแห่งนี้มีความสำคัญและเกี่ยวพันกับในหลวงรัชกาลที่ 9 เนื่องจากเป็นวัดที่พระองค์ทรงจำพรรษาขณะทรงผนวชเมื่อ พ.ศ. 2499 ตามโบราณราชประเพณี ตั้งแต่ 22 ตุลาคม - 5 พฤศจิกายน ทรงมีพระชนมายุ 29 พรรษา โดยมีสมเด็จพระวชิรญาณวงศ์ สมเด็จพระสังฆราชเป็นประธาน ทรงได้รับสมญานามจากพระอุปัชฌาจารย์ว่า "ภูมิพโล"
ขณะทรงดำรงสมณเพศ ทรงปฏิบัติพระราชกิจเช่นเดียวกับพระภิกษุทั้งหลายอย่างเคร่งครัด เสด็จมาประทับ ณ พระตำหนักปั้นหย่า (พระตำหนักปั้นหยา) ซึ่งเป็นอาคาร 3 ชั้น สถาปัตยกรรมแบบยุโรป เดิมเป็นที่ประทับของรัชกาลที่ 4 สำหรับพระแท่นที่ตั้งอยู่หน้าพระอุโบสถนั้นเป็นพระแท่นที่ประทับเมื่อครั้งทรงผนวช เมื่อลาสิกขาบทได้ทรงปลูกต้นสักไว้ที่ด้านหลังพระตำหนัก แผ่กิ่งก้านใหญ่ไพศาลจวบจนปัจจุบัน
แม้พระองค์จะไม่ได้อยู่กับพวกเราแล้ว แต่การได้ไปกราบไหว้สักการะ ตั้งจิตอธิษฐานเบื้องหน้าองค์ประธานที่บรรจุพระบรมราชสรีรางคารนี้ เปรียบเสมือนการได้เข้ากราบสักการะพ่อหลวงของเรา และระลึกถึงได้ไม่ว่าเวลาจะผ่านไปนานแค่ไหนก็ตาม