อุทกภัย 12 จังหวัดภาคใต้ ส่งผลกระทบต่อสถานศึกษา เฉพาะในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน หรือ สพฐ. เสียหายถึง 1791 แห่ง ในจำนวนนี้มีโรงเรียนที่้เสียหายอย่างหนักอยู่เกือบ 100 แห่ง ส่วนใหญ่อยู่ที่นครศรีธรรมราช สุราษรฏ์ธานี พัทลุง และชุมพร รวมมูลค่าความเสียหายราว 740 ล้านบาท
ความเสียหายครั้งนี้ส่วนใหญ่จะเป็นทางกายภาพ อย่างรั้วพัง ฝ่าเพดานชำรุด หลังคารั่ว ซึ่งผลกระทบเหล่านี้ในระยะยาวไม่สามารถแก้ไขได้ ทว่าสื่อการเรียนการสอนไม่เสียหายมากนักก็เป็นเรื่องที่น่ายินดีที่ชุมชนช่วยกันป้องกัน
แต่ความเสียหายนี้รัฐมนตรีกระทรวงศึกษาธิการได้เน้นย้ำว่าต้องเร่งฟื้นฟูให้ด่วนที่สุด โดยเฉพาะนักเรียนต้องให้ได้เรียนหนังสือโดยเร็ว
ข้อมูลล่าสุดวันนี้ โรงเรียนสามารถเปิดเรียนตามปกติได้แล้วถึงร้อยละ 90 ส่วนที่เหลือ สพฐ. บอกว่าจะเร่งดำเนินการให้เร็วที่สุด แต่หากช้าไปก็ขอให้ครูจัดรถรับส่งนักเรียนไปเรียนที่โรงเรียนใกล้เคียงที่เปิดแล้วไปก่อน ส่วนค่าใช้จ่ายเบิกได้จ่ายงบ สพฐ. ในการฟื้นฟูน้ำท่วม