เดือนสิงหาคม ปี 2538 มีพายุหลายลูกพัดกระหน่ำทั่วทุกภูมิภาคของไทย โดยเฉพาะภาคเหนือ ซึ่งทรงอิทธิพลมากสุดคือพายุโอลิส ทำให้ฝนตกหนักจนเกิดน้ำหลากเข้าท่วมพื้นที่ลุ่มแม่น้ำยมและน่าน ก่อนจะไหลบ่าลงสู่ลุ่มน้ำทางตอนล่าง ฝนที่ตกหนักยังทำให้ปริมาณน้ำล้นอ่างเก็บน้ำเขื่อนสิริกิติ์หลากเข้าท่วมพื้นที่ท้ายน้ำ ระดับน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาที่มีมากอยู่แล้วยิ่งเพิ่มสูงขึ้น ส่งผลให้เอ่อเข้าท่วมในหลายจังหวัดของภาคกลางตอนล่าง รวมถึงกรุงเทพมหานครและปริมณฑล
น้ำเหนือที่ประชิดจังหวัดปริมณฑลผนวกกับมวลน้ำจำนวนมหาศาลที่เกิดจากอิทธิพลของดีเปรสชั่นไรอัน ที่พาดผ่านไทยเมื่อวันที่ 18 กันยายน 2538 เหมือนเป็นการซ้ำเติมวิกฤตให้ทวีความรุนแรงขึ้น แต่วิกฤตนั้นได้รับการผ่อนหนักให้เป็นเบาเพราะพระบารมีของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ซึ่งได้ทรงเรียกข้าราชการที่เกี่ยวข้องกับการบริหารจัดการน้ำ ทั้งกรมชลประทาน ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร องคมนตรี ตลอดจนผู้เชี่ยวชาญเรื่องน้ำและวิศวกรรม เข้าประชุมเพื่อฝ่าวิกฤติอุกทกภัยในครั้งนั้น
ต้นเดือนตุลาคม 2538 ปริมาณน้ำสะสมที่มีมหาศาลทำให้ พื้นที่กรุงเทพมหานครหนีไม่พ้นน้ำท่วม โดยเฉพาะในเขตที่ติดแม่น้ำเจ้าพระยา เช่นเขตพระนคร บางกอกใหญ่ คลองสาน บางกอกน้อย และบางพลัด ส่งผลให้สถานศึกษาต่าง ๆ ต้องเลื่อนการเปิดภาคเรียนออกไป แม้กระทั่งย่างเข้าสู่ปลายเดือนระดับน้ำยังไม่มีทีท่าลดระดับลง โดยในวันที่ 27 ตุลาคม ปีนั้นระดับน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาสูงเป็นประวัติการณ์ วัดค่าได้ถึง 2.27 เมตรที่สะพานพระพุทธยอดฟ้า
พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ได้พระราชทานพระราชดำริการแก้ไขปัญหาต่อนายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรีขณะนั้น เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม โดยเฉพาะการเร่งระบายน้ำออกทะเลให้ได้มากขึ้น โดยการจัดหาเครื่องสูบน้ำให้เพียงพอ การขุดลอกคลองที่ตื้นเขินให้ระบายน้ำได้เร็วขึ้น
อุทกภัยในครั้งนี้ทอดเวลายาวนานกว่า 3 เดือน ซึ่งนอกจากกรุงเทพมหานครแล้ว ยังมีพื้นที่ถูกน้ำท่วม 585 อำเภอใน 68 จังหวัด ประชาชนได้รับผลกระทบมากกว่า 4 ล้าน 5แสนคน ในจำนวนนั้นมีผู้เสียชีวิตมากถึง 260 คน มูลค่าความเสียหายกว่า 6 พันล้านบาท นับเป็นน้ำท่วมที่มีความร้ายแรงมากที่สุดที่เกิดขึ้นในรอบ 40 ปี และนับจากวันนั้นพระราชดำริ "โครงการแก้มลิง" ถูกนำมาสานต่อ
พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงมีพระราชดำริ "โครงการแก้มลิง" อีกครั้ง เมื่อวันที่14 พฤศจิกายน 2538 โดยทรงเปรียบเทียบการ กินอาหารของลิงหลังจากที่ลิง เคี้ยวกล้วยแล้วจะยังไม่กลืน แต่จะเก็บไว้ภายในแก้มทั้งสองข้างแล้วค่อยๆ ดุนกล้วยมากินในภายหลัง เช่นเดียวกับการผันน้ำจากแม่น้ำเจ้าพระยา รวมทั้งน้ำที่ขึ้นมาตามซอยต่างๆ เมื่อน้ำทะเลหนุนให้ไปเก็บไว้ที่บึงใหญ่ที่อยู่ใกล้กับพื้นที่ชายทะเล และมีประตูน้ำขนาดใหญ่สำหรับปิดกั้นน้ำบริเวณแก้มลิง สำหรับฝั่งตะวันตกจะอยู่ที่คลองชายทะเลด้านฝั่งตะวันออก บริเวณแก้มลิงจะอยู่ที่คลองสรรพสามิต เมื่อเวลาน้ำทะเลลดลงให้เปิดประตูระบายน้ำออกไป บึงจะสามารถรับน้ำชุดใหม่ต่อไป จึงสามารถลดปัญหาน้ำท่วมได้
ลักษณะโครงการแก้มลิงแบ่งเป็น 3 ขนาด คือ แก้มลิงขนาดใหญ่ เป็นสระน้ำหรือบึงขนาดใหญ่ ที่รวบรวมน้ำฝนจากพื้นที่บริเวณนั้นๆ โดยจะกักเก็บน้ำไว้ระยะเวลาหนึ่ง ก่อนจะระบายลงสู่ลำน้ำ เพื่อไว้ใช้ในยามแล้ง หรือใช้เป็นพื้นที่รับน้ำในยามอุทกภัย ได้แก่ เขื่อน อ่างเก็บน้ำ ฝาย ทุ่ง เช่น สระเก็บน้ำพระราม 9 ซึ่งตั้งอยู่ระหว่างคลองระบายน้ำรังสิต 5 และรังสิต 6 อำเภอคลองหลวง และอำเภอธัญบุรี จังหวัดปทุมธานี
ลักษณะของโครงการเป็นสระเก็บน้ำขนาดใหญ่ แบ่งออกเป็น 2 สระด้วยกัน คือสระเก็บน้ำที่ 1 มีพื้นที่ประมาณ 790 ไร่ ความจุประมาณ 6 ล้าน ลบ.ม. ใช้รับน้ำจากคลองระบายน้ำรังสิต 6 สระเก็บน้ำที่ 2 มีพื้นที่ประมาณ 1790 ไร่ ความจุประมาณ 11.1 ล้านลูกบาศก์เมตรใช้รองรับน้ำจากคลองรังสิต 5
เมื่อครั้งน้ำท่วมใหญ่เมื่อปี 2554 สระเก็บน้ำพระราม 9 มีบทบาทสำคัญ ในการเปิดประตูรับน้ำเข้าสู่โครงการเพื่อลดระดับน้ำที่เข้าท่วมบ้านเรือนประชาชน ในเขตอำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี และพื้นที่ใกล้เคียง
แก้มลิงขนาดใหญ่ยังมีที่ ทุ่งมะขามหย่อง หนึ่งในโครงการพระราชดำริที่ช่วยให้ชาวจังหวัดพระนครศรีอยุธยาพ้นภัยน้ำท่วม และยังคงมีน้ำใช้ในยามวิกฤตภัยแล้ง ซึ่งโครงการนี้พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ใช้เป็นพื้นที่แก้มลิงแก้ปัญหาน้ำท่วมในฤดูน้ำหลากและฤดูแล้งจะนำน้ำที่กักเก็บไว้ให้เกษตรกรใช้ในการเพาะปลูกมาตั้งแต่ต้นเดือนกรกฎาคม 2538
แก้มลิงขนาดกลาง เป็นพื้นที่ชะลอน้ำที่มีขนาดเล็กกว่า ก่อสร้างในระดับกลุ่มน้ำ มักเป็นพื้นที่ธรรมชาติ เช่น หนอง บึงคลอง โครงการแก้มลิงบึงหนองบอน เป็นแก้มลิงแห่งหนึ่งในจำนวนทั้งหมด 21 แห่ง ที่กรุงเทพมหานคร จัดไว้เป็นพื้นที่รองรับน้ำเพื่อป้องกันปัญหาน้ำท่วม ตั้งอยู่ในเขตประเวศ มีพื้นที่ทั้งหมด 644 ไร่ 1 งาน 37.5 ตารางวา สามารถเก็บกักน้ำได้ 5 ล้าน ลูกบาศก์เมตร ได้วางแผนในการบริหารจัดการน้ำในช่วงฤดูฝนระหว่างเดือน พฤษภาคม- พฤศจิกายน ให้สามารถรับน้ำส่วนเกินจากคลองหนองบอนและคลองมะขามเทศ และในช่วงฤดูแล้ง เดือนธันวาคม-เมษายน จะทำหน้าที่เก็บกักน้ำไว้ในบึงเพื่อใช้ในการอุปโภค
แก้มลิงขนาดเล็ก เป็นแก้มลิงที่มีขนาดเล็กกว่า อาจเป็นพื้นที่สาธารณะ สนามเด็กเล่น ลานจอดรถ หรือ สนามในบ้าน ซึ่งต่อเข้ากับระบบระบายน้ำหรือคลอง ส่วนแก้มลิงที่อยู่ในพื้นที่เอกชนเรียกว่า แก้มลิงเอกชน ส่วนที่อยู่ในพื้นที่ของราชการและรัฐวิสาหกิจ เรียกว่าแก้มลิงสาธารณะ
นอกจากโครงการแก้มลิงจะช่วยแก้ปัญหาน้ำท่วม ยังเป็นการช่วยอนุรักษณ์น้ำและสิ่งแวดล้อม ให้ประชาชนได้มีน้ำกินน้ำใช้ปลูกพืชสร้างรายได้ให้กับครอบครัว
ด้วยพระปรีชาญาณ และพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ที่ทรงห่วงใยพสกนิกรของพระองค์ "โครงการแก้มลิง" ที่ช่วยบรรเทาวิกฤตน้ำท่วม และความเดือดร้อน โดยอาศัยเพียงแค่วิธีการทางธรรมชาติ
จากน้ำท่วมใหญ่เมื่อปี 2538 นำมาสู่การสร้างพื้นที่แก้มลิง ทั้งขนาดเล็ก และขนาดใหญ่ กระจายอยู่ทั่วพื้นที่กรุงเทพมหานครกว่า 20 จุด ซึ่งส่วนใหญ่เป็นพื้นที่ทางฝั่งธนบุรี เพราะมีคลองจำนวนมาก สามารถระบายน้ำออกทางแม่น้ำเจ้าพระยาได้ดี โดยแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ โครงการระบายน้ำในพื้นที่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งใช้คลองที่ตั้งอยู่ชายทะเลด้านจังหวัดสมุทรปราการ ทำหน้าที่เป็นทางเดินของน้ำ ตั้งแต่ สระบุรี อยุธยา ปทุมธานี นนทบุรี และ กรุงเทพมหานคร
ส่วนที่ 2 คือคลองในพื้นที่ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งใช้คลองมหาชัย คลองสนามชัย และแม่น้ำท่าจีน ทำหน้าที่เป็นคลองรับน้ำ ในพื้นที่ตั้งแต่ อ่างทอง อยุธยา ปทมุธานี นครปฐม และกรุงเทพมหานคร แล้วระบายลงสู่ทะเลด้านจังหวัดสมุทรสาคร
นอกจากนี้ยังมีโครงการแก้มลิง แม่น้ำท่าจีนตอนล่าง เพื่อช่วยระบายน้ำที่ท่วมให้เร็วขึ้น โดยใช้หลักการควบคุมน้ำ ในแม่น้ำท่าจีน คือ เปิดการระบายน้ำจำนวนมากสู่อ่าวไทย เมื่อระดับน้ำทะเลต่ำ ซึ่งโครงการนี้ประกอบไปด้วย 3 โครงการย่อย คือโครงการแก้มลิง คลองมหาชัย-คลองสนามชัย และโครงการแก้มลิง คลองสุนัขหอน
โครงการแก้มลิงคลองมหาชัย คลองสนามชัย เป็นโครงการตามเเนวพระราชดำริเพื่อช่วยระบายน้ำท่วมขังในพื้นที่ตอนบน ออกสู่ทะเลโดยเร็วที่สุด เเละบรรเทาอุทกภัยและปัญหาน้ำท่วมขังฝั่งตะวันตก ของกรุงเทพมหานครและปริมณฑล รวมไปถึงการบรรเทาปัญหาน้ำเสียในคลองต่าง โดยที่นี่มีปริมาตรความจุ 6 ล้านลูกบาศก์เมตร
คลองมหาชัย เป็นคลองเชื่อมคลองบางกอกน้อยกับจังหวัดสมุทรสาคร และมีคลองซอยเชื่อมออกทะเลอยู่มาก แต่น้ำที่ไหลมาจากคลองบางกอกน้อยมาปะทะกับน้ำเค็มที่หนุนขึ้นมาทางจังหวัดสมุทรสาคร ทำให้น้ำนิ่งไม่ไหล น้ำบริเวณนี้จึงเน่าเสีย จึงมีพระราชดำริ โครงการแก้มลิงคลองมหาชัย คลองสนามชัย เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2539
พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ได้ทรงร่างสิ่งที่เรียกว่า Thematic Map เพื่อใช้อธิบายหลักการ และได้กำหนดจุดทำประตูน้ำและพื้นที่แก้มลิงโดยประมาณขึ้นมาโดยเมื่อน้ำทะเลหนุน ให้หรี่บานประตูน้ำลง และนำน้ำจืดที่หลากลงมา มาเก็บไว้ในแก้มลิง เมื่อน้ำทะเลหนุนขึ้นสูงจนระดับผิวน้ำต่างกันประมาณ 50 เซนติเมตรจะเกิดแรงดันน้ำ เมื่อน้ำทะเลลงแรงดันดังกล่าวก็จะทำหน้าที่เหมือนลูกสูบรถยนต์สูบเอาน้ำที่ไหลจากคลองบางกอกน้อยไปด้วย หากดำเนินการอย่างนี้น้ำก็จะไหลเวียนพาสิ่งสกปรกที่ตกตะกอนไปด้วย โครงการนี้ ทำหน้าที่รับน้ำในพื้นที่ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา ผ่านพื้นที่บางส่วนของกรุงเทพมหานครและสมุทรสาครตอนบนไปลงคลองมหาชัย-คลองสนามชัย และแม่น้ำท่าจีน เพื่อระบายออกสู่ทะเลด้านจังหวัดสมุทรสาคร
ประชาชนในพื้นที่คลองมหาชัย รู้สึกโชคดี ที่ได้เกิดและอาศัยอยู่ภายใต้พระบรมโพธิสมภารในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ผู้ทรงเปี่ยมด้วยพระเมตตาและพระปรีชาสามารถ ซึ่งโครงการแก้มลิงที่เกิดขึ้นในพื้นที่นอกจากเป็นการแก้ปัญหาน้ำท่วมแล้วยังทำให้พวกเขามีรายได้จากการใช้พื้นที่ทำประมง
นอกจากโครงการแก้มลิงของภาครัฐ ภาคเอกชนโดยเฉพาะนิคมอุตสาหกรรมในพื้นที่คลองมหาชัย ยังน้อมนำพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ในการบริหารจัดการน้ำในพื้นที่ซึ่งถือว่าเป็นโครงการแก้มลิงเอกชน
"ปัจจัยทำให้น้ำท่วมเกิดขึ้นโดยเฉพาะน้ำที่ไหลลงมาจากภาคเหนือ และน้ำทะเลหนุน นอกจากโครงการแก้มลิงตามพระราชดำริเพื่อลดความรุนแรงของปัญหาน้ำท่วมเละช่วยระบายน้ำ ยังมีแนวคิดการอนุรักษณ์พื้นที่ป่าชายเลนเพื่อการป้องน้ำทะเลกัดเซาะฝั่ง โดยจุดที่น่าสนใจอยู่ที่แนวไม้ไผ่ที่ปักไว้เพื่อชะลอคลื่น"
พื้นที่ ต.โคกขาม อ.เมือง จ.สมุทรสาคร เป็นพื้นที่ปลายน้ำของโครงการแก้มลิงคลองมหาชัย-คลองสนามชัย ที่ผ่านมามักเกิดปัญหาการกัดเซาะริมฝั่ง ส่งผลให้ประชาชนที่อาศัยอยู่บริเวณนั้นเดือดร้อน หน่วยงานรัฐจึงร่วมกับผู้นำชุมชนทำโครงการฟื้นฟูและอนุรักษ์ป่าชายเลน โดยเริ่มจากการสำรวจพื้นที่ในจุดที่มีความพร้อมของตะกอน กระแสน้ำ และพันธุ์พืช โดยเฉพาะโกงกางใบใหญ่ และแสม มีการนำภูมิปัญญาท้องถิ่นคือการนำไม้ไผ่มาปักเป็นแนวกันคลื่นเป็นระยะทางแล้วเกือบ 20 กิโลเมตร และจะขยายพื้นที่ไปตลอดแนวชายฝั่งซึ่งมีระยะทางกว่า 41 กิโลเมตร เพื่อลดความรุนแรงของคลื่นลง
แม้พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช สวรรคต นำมาซึ่งความโศกเศร้าของคนไทยทุกหมู่เหล่า แต่โครงการแก้มลิงอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ยังคงเดินหน้าต่อเพื่อให้ประชาชนรอดพ้นจากวิกฤติน้ำท่วม