ก่อนหน้านี้ ผู้บังคับการปราบปรามการกระทำความผิดเกี่ยวกับทรัพยากรธรรมชาติ พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่ฝ่ายอุทยานได้นำกำลังตรวจค้นอาคารและสิ่งปลูกสร้างภายในวัดถ้ำเนรมิต บ้านต่อเรือ จังหวัดกาญจนบุรี หลังได้รับการร้องเรียนว่าวัดแห่งนี้บุกรุกพื้นที่ป่าอุทยานแห่งชาติเขื่อนศรีนครินทร์ จำนวน 90 ไร่
ด้านเจ้าอาวาสวัดถ้ำเนรมิต พระครูวิสุทธิ์กาญจนกิจ ยืนยันว่า สร้างมาก่อนการประกาศเขตพื้นที่อุทยานแห่งชาติ โดยนำเอกสารการขออนุญาตจัดตั้งวัดมาแสดงเพื่อยืนยันว่าวัดไม่ได้รุกที่ป่าอุทยานแห่งชาติ พร้อมชี้แจงว่า อธิบดีกรมการศาสนา เสมอ นาคพงษ์ เคยรับรองว่าวัดถ้ำเนรมิตรได้มีการตั้งวัดในปี พ.ศ.2480 และมีอาคารเสนาสนะมั่นคง มีพระภิกษุจำพรรษาตลอด
เช่นเดียวกับเจ้าคณะปกครองสงฆ์และเจ้าหน้าที่ฝ่ายบ้านเมืองได้ให้การรับรองเป็นวัดเก่าที่สร้างก่อน พ.ร.บ.คณะสงฆ์พุทธศักราช 2484 โดยวัดถ้ำเนรมิตเป็นที่ดินซึ่งชาวบ้านหลายครัวเรือนได้แผ้วถางเพื่อทำการเกษตร ต่อมาได้มีชาวบ้านที่ชื่อแบน หรือ พระอาจารย์แบน ได้นำที่ดินของตัวเองจำนวน 60 ไร่ นำมาสร้างเป็นวัด คือวัดถ้ำเนรมิต
ก่อนที่พระครูวิสุทธิ์กายจนกิจ หรือ หลวงพ่อสมบูรณ์ได้เข้ามารับช่วงต่อการดูแลวัด และมีชาวบ้านหลายรายได้บริจาคที่ดินของตัวเองจนทำให้วัดมีพื้นที่จำนวน 90 ไร่ และวัดถ้ำเนรมิตได้รับพระราชทานวิสุงคมสีมาในปี พ.ศ.2534 โดยมีนายมีชัย ฤชุพันธ์ รองนายกรัฐมนตรีเป็นผู้รับสนองพระบรมราชโองการ