เพื่อความเป็นธรรมแก่นักลงทุน โดยที่การส่งเสริมการลงทุนในประเทศเป็นนโยบายสำคัญของทุกรัฐบาลตลอดมาดังที่มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน พ.ศ. ๒๕๒๐ จัดตั้งสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน และคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน (BOI) เพื่อพิจารณามาตรการอำนวยความสะดวก การให้สิทธิประโยชน์ และสิ่งจูงใจต่าง ๆ แก่นักลงทุนตามมาตรฐานในนานาประเทศ จนสามารถให้ความเชื่อมั่นแก่นักลงทุน เพิ่มรายได้ ก่อให้เกิดการจ้างงาน การใช้ทรัพยากรในประเทศการถ่ายทอดเทคโนโลยี และเพิ่มศักยภาพในการแข่งขันกับต่างประเทศ
อย่างไรก็ตาม ในทางปฏิบัติและในความเข้าใจข้อกฎหมายของหน่วยงานตามกฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมการลงทุนในบางครั้ง อาจแตกต่างจากหน่วยงานตามกฎหมายอื่น ซึ่งผู้เกี่ยวข้องได้ประสานและหาทางแก้ปัญหาเพื่อสร้างความรับรู้ ความเข้าใจ และวางแนวทางปฏิบัติที่เหมาะสมอยู่แล้ว ความเข้าใจแตกต่างที่มีนัยสำคัญประการหนึ่งคือปัญหาการคำนวณกำไรสุทธิหรือขาดทุนสุทธิ ของกิจการที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนว่าในกรณีประกอบกิจการขาดทุนจะมีวิธีการคำนวณภาษีเงินได้ นิติบุคคลที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนอย่างไร หากถือตามความเข้าใจและแนวปฏิบัติของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุนซึ่งสอดคล้องกับความเห็นของคณะกรรมการกฤษฎีกาและคำพิพากษา
ศาลภาษีอากรกลาง วิธีการคำนวณจะแตกต่างจากคำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยภาษีอากรและประกาศกรมสรรพากร ซึ่งต่อมาได้มีคำพิพากษาศาลฎีกาที่ ๑๕๓๔๕/๒๕๕๘ อ่านคำพิพากษาเมื่อวันที่๑๖ พฤษภาคม ๒๕๕๙ วินิจฉัยให้การคำนวณภาษีเงินได้นิติบุคคลที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนต้องอยู่ภายใต้บังคับของประมวลรัษฎากรตามที่เจ้าพนักงานประเมินภาษีอากรคำนวณ ข้อนี้เท่ากับว่านิติบุคคลดังกล่าวต้องชำระภาษีให้ถูกต้อง แต่โดยที่ล่วงเลยระยะเวลาการยื่นแบบแสดงรายการและชำระภาษีตามที่กฎหมายกำหนด จึงเป็นเหตุให้นิติบุคคลเหล่านั้นต้องชำระเงินเพิ่มและเบี้ยปรับอีกส่วนหนึ่งตามมาตรา ๓ อัฏฐ วรรคสอง แห่งประมวลรัษฎากร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง
มีอำนาจขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้และขยายกำหนดเวลาการยื่นคำร้องขอคืนภาษีอากรได้ตามความจำเป็น ซึ่งต่อมาได้มีประกาศกระทรวงการคลัง เรื่อง ขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลตามประมวลรัษฎากร ลงวันที่ ๑๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๙ อนุมัติให้ขยายกำหนดเวลาดังกล่าวตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กำหนด จนถึงวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๕๕๙อันมีผลทำให้บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลดังกล่าวไม่ต้องเสียเบี้ยปรับหรือเงินเพิ่ม หากได้ชำระเบี้ยปรับ
และเงินเพิ่มไว้แล้วก็ให้ขยายกำหนดเวลาการยื่นคำร้องขอคืนเบี้ยปรับและเงินเพิ่มออกไปเป็นภายในวันที่๑ สิงหาคม ๒๕๕๙ เช่นกัน โดยระบุเหตุผลไว้ในประกาศดังกล่าวว่า การขยายกำหนดเวลาเช่นนี้
"เนื่องมาจากการปฏิบัติตามแนววินิจฉัยอันมีความคลาดเคลื่อนจากหน่วยงานราชการอื่นโดยมิได้มีเจตนาที่จะหลีกเลี่ยงการเสียภาษี" แต่โดยที่ประกาศดังกล่าวยังไม่ครอบคลุมถึงบางกรณีซึ่งแม้อยู่ในบังคับเหตุผลอย่างเดียวกัน แต่ไม่เป็นไปตามหลักเกณฑ์และเงื่อนไขบางข้อในประกาศฉบับนั้น จึงสมควรวางหลักเกณฑ์การขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลตามประมวลรัษฎากรเสียใหม่ให้เกิดความเป็นธรรมตามนัยแห่งเหตุผลเดียวกัน เพื่อประโยชน์ในการรักษาบรรยากาศการลงทุนและความมั่นคงทางเศรษฐกิจ โดยถือว่ากรณีนี้เป็นเรื่องที่ทุกฝ่ายยังคงต้องปฏิบัติตามคำพิพากษาศาลฎีกาแต่การจะชำระเมื่อใดและภายใต้หลักเกณฑ์ใดเป็นเรื่องของการบังคับคดีและวิธีปฏิบัติ ซึ่งมาตรา ๓ อัฏฐ วรรคสอง ให้เป็นอำนาจของฝ่ายบริหารอาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๔๔ ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว)พุทธศักราช ๒๕๕๗ หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติโดยความเห็นชอบของคณะรักษาความสงบแห่งชาติจึงมีคำสั่ง ดังต่อไปนี้
ข้อ ๑ ในคำสั่งนี้"ประกาศกระทรวงการคลัง" หมายความว่า ประกาศกระทรวงการคลัง เรื่อง ขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลตามประมวลรัษฎากร ลงวันที่ ๑๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๙
ข้อ ๒ ให้ขยายกำหนดเวลาการยื่นรายการชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลตามนัยแห่งประกาศกระทรวงการคลัง ออกไปจนถึงวันที่ ๑๕ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๕๙ อันมีผลทำให้บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลนั้นไม่ต้องเสียเบี้ยปรับหรือเงินเพิ่ม และให้ขยายกำหนดเวลาการยื่นคำร้องขอคืนเบี้ยปรับหรือเงินเพิ่มออกไปเป็นภายในวันที่ ๑๕ สิงหาคม ๒๕๕๙ ด้วยเช่นกัน
การขยายกำหนดเวลาตามวรรคหนึ่งเป็นการใช้อำนาจแทนรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังตามข้อ ๒ ของประกาศกระทรวงการคลัง ซึ่งอาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๓ อัฏฐ วรรคสองแห่งประมวลรัษฎากรโดยอนุโลม และให้ใช้กับนิติบุคคลที่ยื่นแบบแสดงรายการและชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลไว้ไม่ถูกต้องอันเนื่องมาจากการปฏิบัติตามแนววินิจฉัยของหน่วยงานราชการอื่นโดยมิได้มีเจตนาที่จะหลีกเลี่ยงการเสียภาษีตามเงื่อนไขในข้อ ๓ ของประกาศกระทรวงการคลัง และให้รวมถึงนิติบุคคลที่ได้ยื่นแบบแสดงรายการและชำระภาษีเงินได้นิติบุคคลไว้ไม่ถูกต้องแต่ได้มีคำพิพากษาถึงที่สุดให้ต้องชำระภาษีให้ถูกต้องก่อนวันที่มีประกาศกระทรวงการคลังแล้วด้วย
ข้อ ๓ ให้กระทรวงการคลังและสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุนซักซ้อมความเข้าใจเกี่ยวกับวิธีปฏิบัติตามกฎหมายที่เกี่ยวข้องและอยู่ในอำนาจหน้าที่ของแต่ละฝ่ายให้เกิดความชัดเจนแล้วอธิบายหรือชี้แจงให้นักลงทุนทราบโดยเร็ว เพื่อส่งเสริมและสร้างความเชื่อมั่นแก่นักลงทุนความในวรรคหนึ่งให้ใช้กับบรรดาหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการลงทุนด้วย เพื่อให้เกิดความสะดวกในการทำธุรกิจและการลงทุน ความเป็นธรรม และการสร้างความเชื่อมั่นแก่นักลงทุน
ข้อ ๔ คำสั่งนี้ให้ใช้บังคับตั้งแต่วันประกาศในราชกิจจานุเบกษาเป็นต้นไป
สั่ง ณ วันที่ ๒๙ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๕๙พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชาหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ