ทั้งนี้ เมื่อตรวจสอบงบประมาณขององค์การสวนสัตว์ พบว่า ได้รับจัดสรรงบประมาณรายจ่ายในปีงบประมาณ 2563 จำนวน 876 ล้านบาท (876,881,500 บาท) ขณะที่ปีงบประมาณ 2564 ซึ่งรอการบังคับใช้อยู่ในขณะนี้ มีการตั้งงบประมาณรายจ่าย สำหรับองค์การสวนสัตว์เอาไว้ 829 ล้านบาท (829,944,900 บาท) ซึ่งนับว่าเป็นหน่วยงานที่ได้รับจัดสรรงบประมาณจำนวนไม่น้อย
นอกจากนั้น ยังมีเงินนอกงบประมาณ ซึ่งเป็นเงินรายได้ โดยคาดว่าเป็นรายได้จากการให้บริการสวนสัตว์ทั่วประเทศ ปีงบประมาณ 2563 อยู่ที่ 325 ล้านบาท ปี 2564 เพิ่มขึ้นเป็น 338 ล้านบาท และคาดการณ์ว่าจะสูงขึ้นเรื่อยๆ ทุกปีงบประมาณ
สำหรับภารกิจสำคัญขององค์การสวนสัตว์ที่หลายคนอาจจะไม่รู้ แต่มีระบุไว้ในกฎหมายจัดตั้งองค์กรคือ งาน "เพาะพันธุ์สัตว์" ซึ่งมีการกำหนดนิยามไว้ในกฎหมาย ว่า ขยายพันธุ์สัตว์ที่นำมาเลี้ยงไว้ โดยวิธีผสมพันธุ์สัตว์ และหมายความรวมถึงขยายพันธุ์สัตว์ โดยวิธีผสมเทียม หรือการย้ายฝากตัวอ่อน หรือโดยวิธีการอื่นๆ ด้วย