โดยในชั้นสอบสวนของกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) นายอภิสิทธิ์ และนายสุเทพ ได้ต่อสู้ประเด็นการสอบสวนและดำเนินคดีว่า ไม่ได้เป็นอำนาจของดีเอสไอ ที่จะรวบรวมหลักฐานสรุปสำนวนฟ้องให้อัยการ แต่การสอบสวนเป็นอำนาจของคณะกรรมการป้องกันและปราบการทุจริตแห่งชาติ ( ป.ป.ช.)
ซึ่งหลังจากอัยการยื่นฟ้องคดีและก่อนที่ศาลอาญา จะพิจารณาคดี ทั้งสองได้ยื่นคำร้องวันที่ 10 มิ.ย.57 ขอให้ศาลวินิจฉัยข้อกฎหมายดังกล่าวด้วย แล้วศาลชั้นต้นได้วินิจฉัยข้อกฎหมายแล้วมีคำสั่งเมื่อวันที่ 28 ส.ค.57 ให้ยกฟ้อง เนื่องจากเห็นว่า แม้อัยการโจทก์ จะกล่าวหาว่าจำเลยทั้งสองได้ออกคำสั่ง ศอฉ.ให้ใช้กำลังเจ้าหน้าที่ อาวุธและกระสุนจริง รวมทั้งพลแม่นปืนในการผลักดันผู้ชุมนุม หรือกระชับพื้นที่ หรือสลายการชุมนุมกลุ่มแนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) ในปี 2553 ต่อเนื่องจนถึงวันที่ 19 พ.ค.53 โดยมีเจตนาประสงค์ต่อผลที่ทำให้มีผู้บาดเจ็บและเสียชีวิตก็ตาม แต่การกระทำดังกล่าวนั้นก็เกี่ยวพันกับการที่จำเลยทั้งสองใช้อำนาจตำแหน่งหน้าที่ราชการในฐานะนายกรัฐมนตรี และรองนายกรัฐมนตรี รวมทั้ง ผอ.ศอฉ.ตาม พ.ร.ก.บริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 ด้วย ไม่ใช่การกระทำทางอาญาที่กระทำโดยส่วนตัวหรือนอกเหนือหน้าที่ราชการ ดังนั้นจึงเป็นการกระทำที่ถูกกล่าวหาว่ากระทำผิดต่อตำแหน่งราชการด้วยซึ่งเป็นการกระทำกรรมเดียวที่ควรพิจารณาไปในวาระเดียว ซึ่ง ป.ป.ช. มีอำนาจไต่สวน และหาก ป.ป.ช.ชี้มูลความผิด ก็ต้องยื่นฟ้องคดีศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ตาม พ.ร.บ.ว่าการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ พ.ศ.2542 มาตรา 66 ประกอบ พ.ร.บ.ว่าด้วยวิธีการพิจารณาคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง พ.ศ.2542 มาตรา 9 (1) และประกาศ คสช. ฉบับที่ 11/2557 และ 24/2557 ที่ ป.ป.ช. มีอำนาจไต่สวนชี้มูลความผิดเกี่ยวกับการกระทำผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการ โดยคดีไม่อยู่ในอำนาจของศาลนี้ และให้ยกคำร้องที่นายสมร ไหมทอง คนขับรถตู้ที่บาดเจ็บ กับนางหนูชิต คำกอง ภรรยาของนายพัน ที่เสียชีวิต ขอเข้าเป็นโจทก์ร่วมด้วย ต่อมาอัยการโจทก์ และนายสมร กับนางหนู ผู้เสียหาย มอบอำนาจให้นายโชคชัย อ่างแก้ว ทนายความยื่นอุทธรณ์
โดยเมื่อวันที่ 17 ก.พ.59 มีการอ่านคำพิพากษาศาลอุทธรณ์ ซึ่งเห็นว่าเหตุที่โจทก์ฟ้องจำเลยทั้งสองฟังไม่ได้ว่าจำเลยทั้งสองกระทำไปในฐานะส่วนตัวตามที่โจทก์และโจทก์ร่วมอุทธรณ์ แต่เป็นกรณีที่จำเลยทั้งสองกระทำไปในฐานะผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง การสอบสวนเพื่อเอาโทษแก่จำเลยทั้งสองจึงเป็นอำนาจหน้าที่ ป.ป.ช. ตาม พ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ.2542 มาตรา 19,66 และรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ปี 2550 มาตรา 250 (2) ประกอบมาตรา 275 การที่โจทก์และโจทก์ร่วม ยื่นฟ้องจำเลยทั้งสองโดยอาศัยสำนวนการสอบสวนของดีเอสไอซึ่งไม่มีอำนาจในการสอบสวน การฟ้องของโจทก์จึงไม่ชอบ ศาลอาญาจึงไม่ใช่ศาลที่มีเขตอำนาจรับคดีทั้งสองสำนวนไว้พิจารณา อุทธรณ์โจทก์และโจทก์ร่วมฟังไม่ขึ้น ที่ศาลชั้นต้นพิพากษายกฟ้องนั้นศาลอุทธรณ์เห็นพ้องด้วย ส่วนนายสมร และนางหนูชิต ที่ร้องขอเป็นโจทก์ร่วมนั้นศาลอุทธรณ์ ก็เห็นว่า เมื่อศาลอาญาไม่มีอำนาจรับคดีไว้พิจารณาพิพากษาแล้ว ที่ศาลชั้นต้นพิพากษายกคำร้องขอเข้าเป็นโจทก์ร่วมนั้นก็ชอบแล้ว กระทั่งฝ่ายโจทก์ได้ยื่นฎีกาคัดค้านคำพิพากษาที่ยกฟ้องเพราะคดีไม่อยู่ในอำนาจศาล
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า เหตุจากการคัดค้านอำนาจสอบสวนของดีเอสไอนี้ นายอภิสิทธิ์ อดีตนายกฯ และนายสุเทพ อดีตรองนายกฯ ยังได้ฟ้องกลับนายธาริต เพ็งดิษฐ์ อดีตอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ), พ.ต.ท.วรรณพงษ์ คชรักษ์ อดีตหัวหน้าชุดคดีการเสียชีวิตของประชาชนและเจ้าหน้าที่รัฐจากเหตุรุนแรงทางการเมืองปี 2553, พ.ต.ต.ยุทธนา แพรดำ และ ร.ต.อ.ปิยะ รักสกุล พนักงานสอบสวน เป็นจำเลยที่ 1-4 ต่อศาลอาญาในความผิดฐานร่วมกันเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ หรือโดยทุจริต และเป็นเจ้าพนักงานสอบสวนกระทำการโดยมีเจตนากลั่นแกล้งให้ผู้อื่นได้รับโทษอาญา ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157,200 ด้วย ซึ่งศาลรับคำฟ้องไว้เป็นคดีหมายเลขดำ อ.310/2556
โดยล่าสุดเมื่อวันที่ 21 ส.ค.60 ศาลอาญาก็ได้สอบคำให้การและนัดตรวจหลักฐานคดีไปแล้ว โดยนายธาริต และคณะพนักงานสอบสวนให้การปฏิเสธสู้คดี ซึ่งศาลอาญากำหนดนัดสืบพยานโจทก์ 8 ปาก และพยานจำเลย 15 ปากในเดือน มี.ค.-เม.ย.61