สำนักงานพยากรณ์อากาศของไต้หวัน จัดให้พายุไต้ฝุ่นขนุนมีความรุนแรงสูงสุดระดับ 2 และจนถึงเวลา 16.00 น. ของวันพฤหัสบดีตามเวลาท้องถิ่น ศูนย์กลางของพายุอยู่ห่างจากภาคตะวันออก เฉียงเหนือของไต้หวันราว 320 กิโลเมตร โดยมีความเร็วลมสูงสุดต่อเนื่อง 162 กิโลเมตร/ชั่วโมง และความเร็วลมกระโชก 198 กิโลเมตร/ชั่วโมง
สำนักงานพยากรณ์อากาศประกาศเตือนภัยทางบกจากพายุครอบคลุมพื้นที่มืองคีลุง, ไทเป, นิวไทเป และเขตอี้เหลียน และคาดว่า รอบนอกของพายุจะพัดผ่านเกาะไต้หวันก่อนเปลี่ยนทิศทางมุ่งหน้าไปญี่ปุ่นในช่วงค่ำวันพฤหัสบดีจนถึงเช้ามืดวันศุกร์
ในหลายเมืองทางภาคเหนือรวมถึงกรุงไทเป ธุรกิจร้านค้าต่าง ๆ ศูนย์การค้า อุทยานแห่งชาติ และโรงเรียนต้องปิดทำการ และตลาดหลักทรัพย์ต้องปิดการซื้อขาย รถไฟใต้ดินลดบริการ เที่ยวบินในประเทศและระหว่างประเทศถูกยกเลิก และปิดบริการเรือเฟอร์รี และทหารหลายร้อยนายเตรียมพร้อมสนับสนุนปฏิบัติการกู้ภัย
นอกจากนี้ลมแรงและฝนตกทำให้เกิดไฟฟ้าดับกระทบบ้านเรือนว่า 13,500 หลัง แต่จนถึงช่วงเที่ยง ไฟฟ้ากลับมาใช้ได้ตามปกติเกือบทั้งหมดแล้ว เหลือเพียงกว่า 1,300 หลัง ที่ยังไม่มีไฟฟ้าใช้
ก่อนหน้านี้อิทธิพลของพายุขนุนทำให้เกิดฝนตกหนักและลมแรงบนเกาะโอกินาวาของญี่ปุ่นเมื่อวันพุธ ทำให้มีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 1 ราย และไฟฟ้าดับกระทบกว่า 200,000 ครัวเรือน