สำหรับหนี้จากการดำเนินการโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว มีหนี้จากส่วนต่อขยายที่ 2 (แบริ่ง-สมุทรปราการ และหมอชิต-คูคต) รวม 105,000 ล้านบาท ประกอบด้วย
1.งานโยธา มีหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง คือ กรุงเทพมหานคร (กทม.) และกระทรวงการคลัง โดยสถานะปัจจุบันกรุงเทพมหานครจ่ายเฉพาะดอกเบี้ยให้กระทรวงการคลังตั้งแต่ปี 2562 และมีเงื่อนไขในการเจรจาตาม ม.44 รวมมูลค่ามากกว่า 50,000 ล้านบาท และจะใช้แนวทางเสนอกระทรวงมหาดไทยขอสนับสนุนงบจากรัฐบาล
2.ระบบเดินรถ (ไฟฟ้าและเครื่องกล) หรือ E&M โดยกรุงเทพมหานคร มอบหมายให้บริษัทกรุงเทพธนาคม จำกัด เป็นผู้ดำเนินการ หลังจากนั้นบริษัทกรุงเทพธนาคม จำกัด ได้จ้างบริษัท ระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) หรือ BTSC ผู้ให้บริการรถไฟฟ้า BTS
ปัจจุบันมีสถานะติดตั้งแล้วเสร็จและครบกำหนดชำระให้ BTSC รวมทั้งมีเงื่อนไขในการเจรจาตาม ม.44 มูลค่ารวม 23,000 ล้านบาท (รวมดอกเบี้ยถึง เม.ย.2567) โดยมีแนวทางจัดการโดยสภากรุงเทพมหานครอนุมัติรับมอบ E&M จ่ายจากงบของกรุงเทพมหานคร
3.งานเดินรถไฟฟ้าและซ่อมบำรุง (O&M) โดยกรุงเทพมหานคร จ้างบริษัทกรุงเทพธนาคม จำกัด และบริษัทกรุงเทพธนาคม จำกัด
สถานะปัจจุบัน BTSC ฟ้องศาลปกครองขอให้ชำระค่าจ้างเดินรถไฟฟ้าและซ่อมบำรุง รวมวงเงิน 27,400 ล้านบาท (คำนวณถึงเดือน ต.ค.2566) และขณะนี้รอศาลปกครองสูงสุดนัดอ่านคำพิพากษา