สำหรับสาระสำคัญตามระเบียบสำนักนายกฯ ฉบับนี้ กำหนดให้มีคณะกรรมการคุ้มครองพระพุทธศาสนาแห่งชาติ หรือ คพช. โดยมีประธาน ซึ่งนายกฯแต่งตั้งโดยพระสังฆราชานุมัติ ด้วยความเห็นชอบมหาเถรสมาคม
กรรมการ 6 คน ประกอบด้วย ปลัดกระทรวงมหาดไทย ,ปลัดกระทรวงวัฒนธรรม ,เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกา,เลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน (ปปง.) ,เลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตภาครัฐ (ปปท.) และ ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ (ผบ.ตร.)
กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิด้านอื่นไม่เกิน 9 ท่าน ซึ่งนายกฯแต่งตั้ง ตามมติมหาเถรสมาคม และมี ผอ.สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ทำหน้าที่กรรมการและเลขานุการ
มีอำนาจหน้าที่ กำหนดมาตรการและกลไกที่เหมาะสมในการคุ้มครองพระพุทธศาสนา ให้เป็นไปตามกฎหมาย มติครม. พระธรรมวินัยกฎ ข้อบังคับ ระเบียบ ประกาศ มติของมหาเถรสมาคม หรือ ตามบัญชาสมเด็จพระสังฆราช เป็นต้น
นอกจากนี้ยังให้มีการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการคุ้มครองพระพุทธศาสนาแห่งชาติระดับจังหวัด หรือ "อพคช." โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดเป็นประธาน มีผู้บังคับการตำรวจภูธรจังหวัด เป็นอนุกรรมการอีกด้วย โดยมีอำนาจหน้าที่ อาทิ ตรวจสอบสถานภาพและประวัติพระภิกษุสามเณร จัดการคุ้มครองพระพุทธศาสนาในระดับจังหวัดให้มีประสิทธิภาพ เป็นต้น