ปัจจุบัน กนอ. มีระบบป้องกันน้ำท่วมในแต่ละนิคมอุตสาหกรรม ดังนี้ นิคมอุตสาหกรรมนครหลวง มีเขื่อนป้องกันน้ำท่วมแบบคันดินบดอัดแน่นเสริมด้วยวัสดุป้องกันคอนกรีต ความยาว 5.5 กิโลเมตร ความสูง 8.2 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง พร้อมสถานีสูบน้ำ 1 สถานี เครื่องสูบน้ำ 4 ชุด มีกำลังสูบน้ำได้สูงสุด 21,600 ลูกบาศก์เมตรต่อชั่วโมง เครื่องจ่ายไฟฟ้าสำรอง 1 แห่ง และบ่อหน่วงน้ำภายในนิคมอุตสาหกรรม 2 แห่ง
นิคมอุตสาหกรรมบางปะอิน มีเขื่อนป้องกันน้ำท่วมแบบคันดินบดอัดแน่นเสริมด้วยคอนกรีต ความยาว 10 กิโลเมตร ความสูง 6 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง พร้อมสถานีสูบน้ำ 4 สถานี เครื่องสูบน้ำ 18 ชุด มีกำลังสูบน้ำได้สูงสุด 32,400 ลูกบาศก์เมตรต่อชั่วโมง เครื่องจ่ายไฟฟ้าสำรอง 4 แห่ง และบ่อหน่วงน้ำภายในนิคมอุตสาหกรรม 1 แห่ง
นิคมอุตสาหกรรมบ้านหว้า มีเขื่อนป้องกันน้ำท่วมแบบคันดินบดอัดแน่นเสริมด้วยวัสดุป้องกัน ความยาว 11.1 กิโลเมตร ความสูง 5.4 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง พร้อมสถานีสูบน้ำ 1 สถานี เครื่องสูบน้ำ 5 ชุด มีกำลังสูบน้ำสูงสุด 54,000 ลูกบาศก์เมตรต่อชั่วโมง เครื่องจ่ายไฟฟ้าสำรอง 1 แห่ง และบ่อหน่วงน้ำภายในนิคมอุตสาหกรรม 1 แห่ง