เมื่อพบความผิดปกติ คนขับต้องหยุดรถเพื่อตรวจสอบ และขออนุญาตเดินรถต่อ ตามกฎความปลอดภัยทันที ไม่เสี่ยงต่อสิ่งที่ "คิดว่าน่าจะไม่มีอะไร" ส่วนตัวรถไฟก็จะมีระบบที่แจ้งเตือนคนขับ เมื่อมีอะไรขวางทางตัดถนนหรือราง เช่น จะมีปุ่มฉุกเฉินที่ทางข้าม เป็นปุ่มสีแดงที่อยู่ตรงทางข้ามรถไฟ ที่จะแจ้งเตือนกรณี รถดับบนรางรถไฟ คนหกล้ม หรือ รถติดไม่สามารถขยับได้ ซึ่งในกรณีเหล่านี้ จะมีคนกดปุ่มสัญญาณ ที่ระบบจะส่งต่อไปยังศูนย์ควบคุมและกระพริบไฟเตือนให้คนขับเห็นทันที
ระบบรถไฟญี่ปุ่น ยังมีเซ็นเซอร์ตรวจจับสิ่งกีดขวางในทางข้าม เช่น เลเซอร์, อินฟราเรดอัลตราโซนิก, ลูปแม่เหล็กฝังพื้น ซึ่งจะส่งสัญญาณเตือนทันทีเมื่อตรวจพบ
นอกจากนี้ ยังมีสัญญาณไฟเตือนพิเศษที่คนขับเห็นได้จากระยะไกล เป็นไฟกระพริบสีแดง ที่บ่งบอกว่า "มีเหตุผิดปกติข้างหน้า ให้หยุดทันที"
ไฟกระพริบนี้ ทำงานเมื่อมีคนกดปุ่มฉุกเฉิน, เซ็นเซอร์พบสิ่งกีดขวาง, ระบบตรวจพบเหตุผิดปกติ เช่น ดินหรือหินถล่ม ซึ่งตามมาตรฐานจะมองเห็นได้ในระยะ 800 เมตรขึ้นไป และที่สำคัญคือ รถไฟญี่ปุ่นมีระบบเบรกอัตโนมัติ ATS หรือ ATS-P