จากการสืบสวนยังพบอีกว่า ระหว่างที่รถไฟคันเกิดเหตุวิ่งผ่าน ไม่ว่าจะเป็นผ่านจุดซุ้มคลองตัน หรือซุ้มพระราม 9 ก่อนจะมาถึงจุดเกิดเหตุจะมีการแจ้งรายงานผ่านมาทางวิทยุสื่อสารเป็นระยะ แต่เหตุน่าสงสัยคือ
เมื่อมาถึงก่อนจุดเกิดเหตุทำไมพนักงานควบคุมไม้กั้นที่อยู่ประจำจุด จึงไม่แจ้งผ่านทางวิทยุสื่อสารถึงสภาพการจราจรและสภาพปัญหา ณ ขณะนั้น เพราะหากทราบว่าจะมีรถไฟวิ่งผ่านมาในระยะใด พนักงานควบคุมไม้กั้นจะต้องรีบแจ้งต่อเนื่องไปในทันที และจะต้องประสานกับเจ้าหน้าที่ตำรวจหากพบสภาพการจราจรที่ติดขัด เพื่อให้สามารถที่จะเคลียร์รถที่สะสมตกค้างให้ออกจากทางรางรถไฟได้ เพราะจากการจำลองเหตุการณ์จะพบว่า พนักงานควบคุมไม่กั้นจะมีลักษณะการปฏิบัติหน้าที่ในลักษณะนี้ทุกซุ้มจุดตัดทางรถไฟ
ทั้งนี้ ‘ตำรวจจึงตั้งข้อสงสัยถึงการปฎิบัติหน้าที่ระหว่างพนักงานควบคุมไม้กั้น กับคนขับรถไฟ อาจจะปฏิบัติหน้าที่ไม่เต็มประสิทธิภาพหรือไม่?’ เพราะจากการสอบปากคำ ต่างคนต่างอ้าง และมีคำให้การที่ไม่ตรงกัน โดยคนขับรถไฟอ้างว่า ไม่ได้ยินเสียงวิทยุสื่อสารที่มีการติดต่อแจ้งมา ส่วนพนักงานควบคุมไม้กั้น ก็อ้างว่า ได้มีการส่งสัญญาณธงไปแล้ว