ในช่วงบั้นปลายของชีวิต ดร.วันกาเดร์ พำนักอยู่ในประเทศมาเลเซียอย่างเงียบๆ เนื่องจากรัฐบาลมาเลเซีย สั่งห้ามการให้สัมภาษณ์ ในขณะที่เจ้าตัวไม่มีหมายจับจากรัฐบาลไทย จึงสามารถเดินทางเข้าประเทศไทยได้ ในที่สุดได้ตัดสินใจขึ้นเวทีอภิปรายเกี่ยวกับปัญหาชายแดนภาคใต้ในประเทศไทย ที่สมาคมนักข่าวนักหนังสือพิมพ์แห่งประเทศไทย จัดขึ้นในวันที่ 28 พ.ย.56 ซึ่งถือเป็นการเดินทางกลับประเทศบ้านเกิดครั้งแรก ตั้งแต่เดินทางออกไป และไปร่วมขบวนการต่อสู้กับรัฐไทยในต่างแดน
ราวเดือน พ.ย.2559 ดร.วันกาเดร์ ให้สัมภาษณ์กับสื่อมวลชนไทยครั้งสุดท้ายที่ จ.นราธิวาส บอกเล่าประสบการณ์ชีวิตที่ได้เคยเคลื่อนไหวต่อสู้กับรัฐไทยมาอย่างยาวนานหลายสิบปี โดยเขาบอกว่า
“แนวคิดแยกดินแดนหมดสมัยไปแล้ว การใช้ความรุนแรงเข่นฆ่ากันไม่ได้ก่อประโยชน์อะไร นอกจาก “ตายเปล่า” พร้อมเสนอแนะให้รัฐบาลไทยเปิดโต๊ะพูดคุยเจรจาขึ้นในประเทศ เพื่อสร้างสันติสุขชายแดนใต้อย่างแท้จริง การพูดคุยมีหลายขั้นหลายตอน แต่อย่าไปคิดว่าคุยแค่กลุ่มเดียวจะแก้ปัญหา เพราะเห็นมาหลายปีแล้ว ฉะนั้นต้องเปลี่ยนวิธี มาพูดคุยในบ้านเรา (ประเทศไทย) และเชิญทุกกลุ่มมาพูดคุยกันอย่างจริงใจ ให้เกียรติ และเท่าเทียม”
คำพูดของดร.วันกาเดร์ ที่ยังคงก้องอยู่ในใจใครหลายคน ที่อยากเห็นความสงบสุขบนดินแดนด้ามขวานของประเทศ