ก่อนที่ช่วงเดือน ก.ย.2560 จะเข้าสู่คดีเงินทอนวัดเฟส 2 มีการตรวจสอบวัดเพิ่มอีก 23 แห่ง ส่วนใหญ่เป็นวัดดังในกรุงเทพ โดยมีเจ้าหน้าที่ พศ.พัวพัน 13 คน , พระภิกษุ 4 รูป , และพลเรือน 2 คน มูลค่าความเสียหาย 141 ล้านบาท
จนนำมาสู่คดีเงินทอนวัดในเฟส 3 เมื่อวันที่ 19 เม.ย.2561 ซึ่งเป็นล็อตที่สะเทือนสังคมไทยอย่างมาก โดยมีการตรวจสอบวัดเพิ่ม 10 แห่ง ในจำนวนนั้น 3 แห่ง เป็นวัดใหญ่ระดับประเทศ ทั้งวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร วัดสัมพันธวงศาราม และวัดสามพระยา
โดยหนึ่งในไฮไลท์สำคัญ คงเป็นการตรวจสอบพระเถระชั้นผู้ใหญ่ 7 รูป ประกอบด้วย
1.พระพรหมสิทธิ (ธงชัย สุขโข) วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร
2.พระพรหมเมธี (จํานงค์ เอี่ยมอินทรา) วัดสัมพันธวงศาราม
3.พระพรหมดิลก (เอื้อน กลิ่นสาลี) วัดสามพระยา
4.พระราชอุปเสณาภรณ์ (สมณศักดิ์เดิมคือ พระเมธีสุทธิกร) (สังคม สังฆะพัฒน์) วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร
5.พระราชกิจจาภรณ์ (สมณศักดิ์เดิมคือ พระวิจิตรธรรมาภรณ์) (เทอด วงศ์ชะอุ่ม) วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร
6.พระอรรถกิจโสภณ (สมทรง อรรถกฤษณ์) วัดสามพระยา
7.พระศรีคุณาภรณ์ (บุญทวี คํามา) วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร
ทั้งนี้ในกรณีวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร พบเส้นทางการเงินตั้งแต่ปี 2559 มีการอนุมัติงบประมาณกว่า 69 ล้านบาท เป็นโครงการอบรมคุณธรรมจริยธรรม และเกี่ยวกับการเผยแพร่ศาสนา แต่เงินส่วนใหญ่ ไม่ได้ถูกกระจายให้สาขาวัด แต่ถูกโอนเข้าบัญชีเหล่าฆราวาส ในจำนวนนั้นมีบัญชีของ ร.ท.ฐิติทัตน์ นิพนธ์พิทยา อดีตทหารสังกัดศูนย์รักษาความปลอดภัย ที่มีความเชื่อมโยงพระชั้นผู้ใหญ่ และทำหน้าที่เป็น “นอมินี” รับโอนเงินไป 25 ล้านบาท