ตามที่ได้มีการเสนอข่าวเรือคลองแสนแสบปรับขึ้นราคาอีก 1 บาท และจะมีผลตั้งแต่วันที่ 14 มกราคม 2565 นั้น กรมเจ้าท่า ขอชี้แจง จากเดิมในสถานการณ์ปกติจะมีประกาศคณะกรรมการเรือประจำทาง ปี 2559 กำหนดให้ค่าโดยสาร สามารถปรับขึ้นลงตามอัตราราคาน้ำมัน ซึ่งในเดือนมีนาคม 2563 ที่ผ่านมา ราคาน้ำมันอยู่ที่ 24 บาท และมีอัตราค่าโดยสารของเส้นทางคลองแสนแสบ เริ่มต้นที่ 8 บาท
แต่ด้วยสถานการณ์ในช่วงโควิด-19 ระบาด รัฐบาลขอความร่วมมือประชาชนให้ปฏิบัติงานอยู่ที่บ้านและขอความร่วมมือลดการเดินทางโดยไม่จำเป็น ส่งผลให้ยอดผู้โดยสารเรือคลองแสนแสบ ลดลงอย่างมาก เหลือเพียงร้อยละ 10 ต่อวัน ทำให้การเดินเรือประจำทางประสบภาวะขาดทุนอย่างหนักและไม่สามารถเดินเรือได้ตามปกติ
นายภูริพัฒน์ ธีระกุลพิศุทธิ์ รองอธิบดีกรมเจ้าท่า ด้านปลอดภัย เปิดเผยว่า จากกรณีดังกล่าว บริษัทครอบครัวขนส่ง จำกัด ผู้ดูแลการให้บริการเรือคลองแสนแสบ ได้ประสานและขออนุญาตกรมเจ้าท่า ปรับขึ้นราคาจากเดิมเริ่มต้นที่ 8 บาท ปรับเป็นเริ่มต้นที่ 9 บาท ตามประกาศกรมเจ้าท่าที่ 68/2563 เรื่อง กำหนดอัตราค่าโดยสารเรือกลประจำทางในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑลเป็นการเฉพาะและชั่วคราวตามประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน