17 ตุลาคม 2564 การรถไฟแห่งประเทศไทย แจ้งการปรับเปลี่ยนสถานีต้นทาง-ปลายทาง จากสถานการณ์เกิดฝนตกหนักในหลายพื้นที่ ทำให้ช่วงบ่ายวันนี้ (17 ตุลาคม 2564) ได้เกิดน้ำท่วมเส้นทางรถไฟ ระหว่างที่หยุดรถดอนสงวน - ที่หยุดรถหนองผักชี จังหวัดสุพรรณบุรี ส่งผลกระทบต่อความปลอดภัยในการเดินขบวนรถ เส้นทางสายสุพรรณบุรีช่วงบริเวณดังกล่าว การรถไฟฯ จึงจำเป็นต้องประกาศปรับเปลี่ยนสถานีต้นทาง - ปลายทาง ขบวนรถสายสุพรรณบุรี จำนวน 2 ขบวน ตั้งแต่วันที่ 17 - 18 ตุลาคม 2564 เพื่อความปลอดภัยของผู้โดยสาร
โดยเส้นทางที่ปรับเปลี่ยน ดังนี้
อย่างไรก็ตาม เจ้าหน้าที่การรถไฟฯ ได้ลงพื้นที่ตรวจสอบความเสียหายในเบื้องต้นพบว่า เส้นทางรถไฟช่วงบริเวณเสาโทรเลขที่ 121/2 - 125/4 ระหว่างที่หยุดรถดอนสงวน - ที่หยุดรถหนองผักชี ได้รับความเสียหายเล็กน้อย และเมื่อระดับน้ำลดลง จะสามารถส่งเจ้าหน้าที่เข้าดำเนินการจัดเก็บขยะ และสิ่งปฎิกูล รวมทั้งตรวจสอบภาพทางบริเวณดังกล่าวได้