พลเอก สนธิ บุญยรัตกลิน แถลงสาเหตุเมื่อวันที่ 21 กันยายน และให้คำมั่นว่าจะฟื้นฟูรัฐบาลระบอบประชาธิปไตยภายในหนึ่งปี อย่างไรก็ตาม คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขประกาศว่า หลังจากการเลือกตั้งและการตั้งรัฐบาลประชาธิปไตยแล้ว คณะปฏิรูปการปกครองจะเปลี่ยนไปอยู่ในรูปแบบของคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ ซึ่งยังไม่มีการอธิบายบทบาทที่มีต่อการเมืองไทยในอนาคต
หลังรัฐประหาร คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขได้จัดตั้งรัฐบาลชั่วคราว พระบาทสมเด็จพระชนกาธิเบศรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมานถบพิตร มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้า ฯ ให้แต่งตั้งพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์เป็นนายกรัฐมนตรี ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2549 ต่อมาวันที่ 26 มกราคม พ.ศ.2550 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกใน 41 จังหวัด แต่ยังคงไว้ 35 จังหวัด
รัฐประหารดังกล่าวไม่มีการเสียเลือดเนื้อและไม่มีรายงานผู้ได้รับบาดเจ็บ ปฏิกิริยาตอบรับจากนานาชาติมีตั้งแต่การวิพากษ์วิจารณ์ในหลายประเทศ เช่น ออสเตรเลีย การแสดงความความเป็นกลาง เช่น สาธารณรัฐประชาชนจีน ไปจนการแสดงความผิดหวังอย่างสหรัฐอเมริกา ซึ่งถือว่าประเทศไทยเป็นพันธมิตรนอกนาโต และว่า รัฐประหาร "ไม่มีเหตุผลยอมรับได้"