แต่จากการตรวจสอบบางสัญญาพบความผิดปกติในการก่อสร้างและการดำเนินงานซึ่งอาจไม่เป็นไปตามข้อสัญญาการจ้าง หรือ ทีโออาร์ หลายจุด อาทิ การวางรางรถไฟ ซึ่งตามสัญญาจะต้องใช้รางเหล็กคุณภาพดีที่มีปีการผลิตในปี 2019 เท่านั้น แต่ปรากฏว่ามีการสอดไส้นำรางเหล็กเก่าที่ผลิตในปี 2013 และปี 2014 มาสอดไส้ใช้สลับแทนในบางจุดเพื่อตบตาผู้ตรวจสอบ (ซึ่งอาจไม่ได้ลงดูพื้นที่จริง)โดยเบื้องต้นพบว่ามีการนำรางเก่ามาใช้ทั้งหมด 48 ท่อน แยกเป็นปี 2013 จำนวน 28 ท่อน(PZH2013) ปี 2014 จำนวน 20 ท่อน(BISG2014) โดยตรวจพบในจุดที่ Sta.3+513 ไปจนถึงจุด 4+113 ซึ่งการสอดไส้นำรางเก่ามาใช้แทนรางใหม่จะทำให้ผู้รับเหมาประหยัดเงินไปได้อย่างมาก ซึ่งปัญหาดังกล่าวทราบมาว่าทางบริษัทที่ปรึกษาจากประเทศจีนได้ตรวจพบแล้ว และได้ทำหนังสือรายงานไปยังผู้จัดการโครงการฯของ รฟท.แล้ว แต่ทว่าเรื่องกลับเงียบไป เป็นที่น่าพิรุธ
นอกจากปัญหาการสอดไส้การนำรางเก่ามาใช้แล้ว ยังมีปัญหาการนำรถกระบะยี่ห้อหนึ่งมาใช้ในโครงการโดยในสัญญาระบุว่าต้องเป็นรถที่มีแรงม้า 2,900 แรงม้า แต่เอามาใช้จริงกลับเป็นรถที่มีแรงม้าเพียง 2,200 แรงม้าเท่านั้น อาจไม่ตรงกับสเปกตามสัญญา และยังพบว่าการก่อสร้างอาคารสำนักงานจำนวน 3 อาคารที่ อ.ปากช่อง พบว่ามีการก่อสร้างเกินไปกว่าแบบแปลนที่กำหนดจากพื้นที่ใช้สอย 1,550 ตร.ม. กลับเพิ่มเป็น 1,940 ตร.ม. ทำให้ค่าก่อสร้างเพิ่มมากขึ้น ค่าบริหารจัดการเพิ่มมากขึ้น และยังไม่มีฉนวนกันความร้อนบนผ้าเพดานไม่เป็นไปตามแบบที่กำหนดอีกด้วย และเฟอร์นิเจอร์ภายในอาคารโครงการฯพบว่ามีการจัดซื้อจัดหามาใช้ในราคาที่แพงกว่าราคาตลาดที่ซื้อขายกันโดยทั่วไปหลายเท่ามาก และยังพบข้อพิรุธอื่น ๆ อีกมากมาย