สาระสำคัญของระเบียบฉบับนี้ ประกอบด้วย ข้อ 5 เมื่อเจ้าพนักงานควบคุมโรคติดต่อได้แจ้งให้ผู้มีอำนาจเปรียบเทียบทราบว่าการกระทำความผิดเกิดขึ้น หรือปรากฎหลักฐานต่อผู้มีอำนาจเปรียบเทียบว่าได้มีการกระทำความผิดเกิดขึ้นให้ผู้มีอำนาจเปรียบเทียบดำเนินการ ดังนี้
1.กรณีพิจารณาแล้วเห็นว่าสมควรให้มีการเปรียบเทียบ ให้เรียกหรือแจ้งให้ผู้ต้องหามารับทราบข้อหาในการกระทำความผิด วัน เวลา และสถานที่เกิดเหตุ พร้อมชี้แจงให้เข้าใจถึงความผิด โดยให้ดำเนินการ ดังนี้
กรณีผู้ต้องหารับสารภาพและยินยอมให้มีการเปรียบเทียบ ให้กำหนดจำนวนเงินค่าปรับที่ต้องพึงชำระ โดยครั้งที่ 1 ปรับไม่เกิน 1,000 บาท ครั้งที่ 2 ปรับมากกว่า 1,000 บาท แต่ไม่เกิน 10,000 บาท และครั้งที่ 3 เป็นต้นไป ปรับมากกว่า 10,000 บาท แต่ไม่เกิน 20,000 บาท
ส่วนกรณีผู้ต้องหาไม่ยินยอมให้มีการเปรียบเทียบ หรือยินยอมให้เปรียบเทียบแต่ไม่ชำระค่าปรับภายในระยะเวลา 30 วันนับแต่วันที่มีการเปรียบเทียบ ให้ส่งเรื่องให้เจ้าพนักงานควบคุมโรคติดต่อเพื่อส่งเรื่องให้พนักงานสอบสวนดำเนินคดีต่อไป
2.กรณีพิจารณาแล้วเห็นว่าไม่สมควรให้มีการเปรียบเทียบ เนื่องจากเป็นการกระทำความผิดซ้ำซากหรือกระทำความผิดติดนิสัย หรือกระทำความผิดนั้นก่อหรืออาจก่อให้เกิดความเสียหายแก่ชีวิตหรือร่างกายของประชาชน หรือเป็นการกระทำที่ก่อหรืออาจก่อให้เกิดความเสียหายต่อความปลอดภัยต่อสาธารณะหรือประโยชน์สาธารณะ ให้ส่งเรื่องให้เจ้าพนักงานควบคุมโรคติดต่อเพื่อส่งเรื่องให้พนักงานสอบสวนดำเนินคดีต่อไป