จากการสอบสวนเบื้องต้นทราบว่า ก่อนเกิดเหตุทางโรงเรียนได้จัดกิจกรรมเข้าค่ายลูกเสือ กระทั่งเวลาประมาณ 14.00 น.เด็กชายทองนพเก้า ได้หายตัวไปในระหว่างที่เข้าฐานทางน้ำหรือฐานหนีสงครามของทางโรงเรียนจัดไว้แล้วหายตัวไปจนเวลาเลิกเรียนยังไม่เห็นกลับบ้าน ทำให้ผู้ปกครองเข้าแจ้งความกับตำรวจและขอความช่วยเหลือเพื่อนบ้านและหน่วยกู้ภัยช่วยกันออกตามหา กระทั่งมาพบว่าจมน้ำเสียชีวิตที่บริเวณดังกล่าว
ทั้งนี้จากการสอบถามเพื่อนเด็กชายทองนพเก้า ทราบว่า ทางโรงเรียนได้จัดกิจกรรมเข้าค่ายลูกเสือแล้วพานักเรียนทำกิจกรรมเข้าฐาน โดยมีครูบังคับและฝึกนักเรียนทุกคนลงมุดน้ำหนองน้ำหลังวัดบ้านนาค้อ ซึ่งอยู่ใกล้โรงเรียน โดยอ้างว่าฐานนี้เป็นฐานหนีสงคราม ให้นักเรียนทุกคนที่เป็นลูกเสือมุดน้ำที่มีความลึกกว่า 3 เมตรแล้วโยนก้อนหินสมมุติเป็นระเบิด ซึ่งไม่มีอุปกรณ์เตรียมไว้ช่วยเหลือ สำหรับเด็กชายทองนพเก้านั้น ไม่อยากลงไปในน้ำ เนื่องจากว่ายน้ำไม่เป็น และพยามหลบเลี่ยงไม่เข้าทำกิจกรรมฐานนี้ ซึ่งขณะเกิดเหตุคาดว่าครูน่าจะให้ลงไปฝึกมุดน้ำเหมือนคนอื่น ๆ แต่ไม่มีใครเห็น จึงจมน้ำเสียชีวิตดังกล่าว