การเกิดฝีหนองนั้นเป็นปฏิกิริยาของร่างกายที่ต่อสู้กับเชื้อโรคโดยเฉพาะอย่างยิ่งแบคทีเรียที่เข้าสู่ร่างกาย โดยการพยายามจำกัดพื้นที่ไม่ให้เชื้อโรคกระจายไปบริเวณอื่น และมีเม็ดเลือดขาวเข้ามาช่วยจัดการกับเชื้อโรคนั้น เม็ดเลือดขาวที่ตายไปก็ยังคงอยู่ในพื้นที่ก้อนฝีนั้น สาเหตุหลักคือ การเกิดแผลและมีการติดเชื้อ หรือเกิดจากการฉีดวัคซีนบางชนิดที่ดูดซึมยาก หรือการใช้เข็มที่ไม่สะอาดทำให้ติดเชื้อบริเวณที่ฉีดยาหรือวัคซีน
สำหรับเข็มที่ตกค้างในกล้ามเนื้อสุกรนั้นอาจพบได้หากว่าผู้ปฏิบัติงานไม่ระวังขณะฉีดยาหรือวัคซีน เนื่องจากสุกรอาจเคลื่อนตัวหนีขณะแทงเข็ม ซึ่งกล้ามเนื้อสุกรนั้นมีขนาดใหญ่และแข็งแรง ร่วมกับการสะบัดหนี ทำให้เข็มหักและตกค้างในกล้ามเนื้อได้ ถ้าหากเข็มนั้นสะอาดก็จะไม่พบฝีเกิดขึ้น แต่ถ้าเข็มนั้นไม่สะอาดก็จะทำให้เกิดฝีตามมาได้
แม้ว่าทั้งสองกรณีนี้จะมีโอกาสพบได้ แต่การเลี้ยงสุกรจะมีการเฝ้าระวังไม่ให้เกิดขึ้น นอกจากนี้หากสุกรมีก้อนฝีหนองมักถูกหักเงิน เพราะส่วนนั้นจะถูกตัดแต่งออกไปหลังการฆ่า ทำให้เสียราคา ส่วนกรณีเข็มตกค้างนั้น หากพบหลังการฆ่า พ่อค้าจะกลับมาแจ้งฟาร์มและหักเงินเช่นเดียวกัน ดังนั้นฟาร์มจึงมักใส่ใจไม่ให้เกิดปัญหานี้ขึ้น อย่างไรก็ตามยังคงมีพ่อค้าที่เห็นแก่ตัว หาซื้อสุกรราคาถูกมาจำหน่ายในราคาตลาด เพื่อหวังกำไรมาก ๆ พ่อค้ากลุ่มนี้ไม่มีการตรวจสอบ หรือบางครั้งมีการปกปิดหรือจำหน่ายพ่วงไปกับชิ้นส่วนอื่นในราคาถูก ร้านค้าที่หวังกำไรก็มักจะหาซื้อเนื้อสุกรและชิ้นส่วนจากตลาดเหล่านี้ ซึ่งเนื้อสุกรเป็นเนื้อที่ไม่ได้มาตรฐาน
เนื้อสุกรคุณภาพและเนื้อสุกรปลอดภัยนั้นมีความแตกต่างกันอยู่บ้าง โดยเนื้อสุกรคุณภาพนั้นเป็นเนื้อปกติ สะอาด ไม่มีกลิ่นไม่พึงประสงค์ ไม่มีรอยฟกช้ำ แผลหนอง สีชมพูปนเทาถึงสีชมพูเข้ม ขณะที่เนื้อสุกรปลอดภัยนั้นมุ่งเน้นไปที่การไม่มีสารตกค้าง ไม่มีสิ่งแปลกปลอมในเนื้อสุกร ไม่มีการปนเนื้อเชื้อจุลินทรีย์ก่อโรคมากเกินกว่าเกณฑ์ที่กำหนด ซึ่งการผลิตสุกรนั้นมุ่งเน้นทั้งสองอย่างคือได้เนื้อสุกรคุณภาพและปลอดภัย
การเลี้ยงสุกรของประเทศไทยมีความก้าวหน้าเป็นที่ยอมรับในภูมิภาค นอกจากนี้การเลี้ยงสุกรยังมีการพัฒนาด้วยการนำมาตรฐานฟาร์มมาปรับประยุกต์ ด้วยมุ่งหวังผลิตเนื้อสุกรที่ได้มาตรฐานแก่คนไทย นอกจากนี้ยังหวังการส่งออกเนื้อและผลิตภัณฑ์สุกรเพื่อสร้างรายได้ให้กับประเทศด้วย โดยปัจจุบันสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ (มกอช.) ได้กำหนดมาตรฐานหรือหลักปฏิบัติที่ดีที่เกี่ยวข้องกับสุกร ได้แก่ การปฏิบัติทางการเกษตรที่ดีสำหรับฟาร์มสุกร (มกษ.6403) การปฏิบัติที่ดีสำหรับโรงฆ่าสุกร (มกอช.9009) มาตรฐานเนื้อสุกร (มกอช.6000) เพื่อหวังให้เกิดการพัฒนาทั้งระบบ อย่างไรก็ตามมาตรฐานต่าง ๆ เหล่านี้ยังคงเป็นมาตรฐานทั่วไป ไม่ได้บังคับให้ต้องปฏิบัติ ทั้งนี้มาตรฐานฟาร์มสุกรกำลังจะเป็นมาตรฐานบังคับ และน่าจะมีการผลักดันให้มาตรฐานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องเป็นมาตรฐานบังคับด้วยในอนาคต