การพิจารณาในวาระ 2 ในชั้นกรรมาธิการฯ จะมีการพิจารณาเป็นรายมาตรา โดยนำร่างแก้ไขเพิ่มเติมรัฐธรรมนูญร่างใดร่างหนึ่งใน 2 ร่างนี้เป็น "ร่างหลัก" คาดว่าจะเป็นร่างของรัฐบาล จากนั้นจะพิจารณาเนื้อหาไปทีละมาตรา เพื่อรวมทั้ง 2 ร่างเป็นร่างเดียว
แต่ละมาตราเมื่อมีการปรับเนื้อหาแล้ว จะมีการโหวตเป็นรายมาตราในกรรมาธิการ ฝ่ายที่ชนะ ได้เสียงมากกว่าในแต่ละมาตรา แต่ละประเด็น เรียกว่า "กรรมาธิการเสียงข้างมาก" ส่วนฝ่ายที่โหวตแพ้ เรียกว่า "กรรมาธิการเสียงข้างน้อย" ซึ่งฝ่ายเสียงข้างน้อยสามารถสงวนคำแปรญัตติแต่ละมาตราเอาไว้ เพื่อนำมาอภิปรายเหตุผลหักล้างหรือโน้มน้าวสมาชิกรัฐสภาอีกรอบหนึ่งเพื่อให้เห็นด้วยกับตน ในช่วงที่ส่งร่างแก้ไขเพิ่มเติมรัฐธรรมนูญที่ผ่านการพิจารณาของคณะกรรมาธิการฯแล้ว เข้าไปโหวตในที่ประชุมใหญ่ของรัฐสภา
โดยการโหวตในวาระ 2 ในที่ประชุมรัฐสภา จะพิจารณาเรียงลำดับมาตรา ใช้เสียงข้างมากเป็นเกณฑ์ ไม่ต้องมีเสียง ส.ว. 1 ใน 3 เหมือนวาระที่ 1
เมื่อพิจารณาวาระ 2 เสร็จสิ้นแล้ว ให้รอไว้ 15 วัน เพื่อให้รัฐสภาพิจารณาในวาระที่ 3 โดยใช้วิธี "ขานชื่อ" เหมือนวาระที่ 1 โดยร่างแก้ไขเพิ่มเติมรัฐธรรมนูญ ที่จะผ่านวาระ 3 ต้องมีคะแนนเสียงเห็นชอบมากกว่ากึ่งหนึ่งของจำนวนสมาชิกทั้งหมด เท่าที่มีอยู่ของทั้งสองสภา คือ 367 เสียงขึ้นไป โดยในจำนวนนี้ต้องมี ส.ว.ไม่น้อยกว่า 1 ใน 3 หรือ 82 เสียง (กรณีที่ ส.ว.ยังคงมี 245 คน จากจำนวนเต็ม 250 คน)