โดยโครงการป้องกันและบรรเทาอุทกภัยเมืองชุมพร (ลุ่มน้ำคลองชุมพร) แบ่งแผนงานโครงการออกเป็น 2 ระยะ คือระยะที่ 1 ปี 2558- 2562 คือเป็นการดำเนินการ งานขุดคลองผันน้ำช่วงคลองนาคราช ระยะทาง 4.720 กิโลเมตร และงานขุดขยายคลองชุมพรช่วงปลายบริเวณเหนือประตูระบายน้ำตอนล่างให้สามารถระบายน้ำได้ 550 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที
ส่วนระยะที่ 2 ปี 2563-2564 งานขุดคลองผันน้ำใหม่เชื่อมคลองชุมพร คลองนาคราช ให้สามารถ ระบายน้ำได้ 350 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ระยะทาง 3.343 กิโลเมตร. งานขุดขยายคลองชุมพรช่วงปลาย ตั้งแต่ท้ายประตูระบายน้ำตอนล่างถึงสะพานทุ่งคา ให้สามารถระบายน้ำได้ 550 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที งานก่อสร้างประตูควบคุมบังคับน้ำ จำนวน 4 แห่ง พร้อมอาคารประกอบ และอาคารระบายน้ำ และงานขุดขยายคลองชุมพรเดิม ช่วงบนให้สามารถระบายน้ำได้ 200 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที