สำหรับองค์การสวนสัตว์แห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ มีสวนสัตว์อยู่ในความดูแลทั้งหมด 8 แห่ง ทั่วประเทศ ได้แก่ สวนสัตว์ดุสิต สวนสัตว์เปิดเขาเขียว สวนสัตว์เชียงใหม่ สวนสัตว์นครราชสีมา สวนสัตว์สงขลา สวนสัตว์อุบลราชธานี สวนสัตว์ขอนแก่น และโครงการคชอาณาจักร จ.สุรินทร์ เมื่อตรวจสอบงบประมาณขององค์การสวนสัตว์ พบว่า ได้รับจัดสรรงบประมาณรายจ่ายในปีงบประมาณ 2563 จำนวน 876 ล้านบาท (876,881,500 บาท)ขณะที่ ปีงบประมาณ 2564 ซึ่งรอการบังคับใช้อยู่ในขณะนี้ มีการตั้งงบประมาณรายจ่ายสำหรับองค์การสวนสัตว์เอาไว้ 829 ล้านบาท (829,944,900 บาท) ซึ่งนับว่าเป็นหน่วยงานที่ได้รับจัดสรรงบประมาณจำนวนไม่น้อยทีเดียว นอกจากนั้นยังมีเงินนอกงบประมาณ ซึ่งเป็นเงินรายได้ คาดว่าเป็นรายได้จากการให้บริการสวนสัตว์ทั่วประเทศ ปีงบประมาณ 2563 อยู่ที่ 325 ล้านบาท ปี 2564 เพิ่มขึ้นเป็น 338 ล้านบาท และคาดการณ์ว่าจะสูงขึ้นเรื่อยๆ ทุกปีงบประมาณสำหรับภารกิจสำคัญขององค์การสวนสัตว์ที่หลายคนอาจจะไม่ทราบ แต่มีระบุไว้ในกฎหมายจัดตั้งองค์กรก็ คือ งาน "เพาะพันธุ์สัตว์" ซึ่งมีการกำหนดนิยามไว้ในกฎหมายว่า ขยายพันธุ์สัตว์ที่นำมาเลี้ยงไว้โดยวิธีผสมพันธุ์สัตว์ และหมายความรวมถึงขยายพันธุ์สัตว์โดยวิธีผสมเทียม หรือการย้ายฝากตัวอ่อน หรือโดยวิธีการอื่นๆด้วยจากภารกิจขององค์การสวนสัตว์ในด้านเพาะพันธุ์และขยายพันธุ์สัตว์ป่าหายาก ทำให้มีการตั้งข้อสังเกตว่าอาจจะมีผลประโยชน์จำนวนไม่น้อยซุกอยู่ใต้พรมในองค์การแห่งนี้หรือไม่ เพราะสัตว์ป่าหายากใกล้สูญพันธุ์เป็นที่ต้องการของบรรดานักสะสมสัตว์ และมีราคาสูงมาก หากบริหารจัดการอย่างไม่โปร่งใส อาจทำให้เกิดช่องโหว่หรือรูรั่วจนสร้างความเสียหายให้กับองค์กรได้เหมือนกัน