2.การเปลี่ยนรุ่นขบวนรถ EMU จากรุ่น CRG2G (Hexie Hao) เป็น CR Series (Fuxing Hao) ซึ่งเป็นรถรุ่นใหม่ที่มีเทคโนโลยีและสมรรถนะที่ดีกว่า เป็นเงินเพิ่มขึ้น 2,530.38 ล้านบาท
3. การปรับเปลี่ยนทางแบบใช้หินโรยทาง (Ballasted Track) เป็นทางแบบไม่ใช้หินโรยทาง (Ballastless Track) ในทางวิ่งช่วงสถานีบางซื่อ-สถานีดอนเมือง ในสถานีพระนครศรีอยุธยา สถานีสระบุรี สถานีปากช่อง สถานีนครราชสีมา และภายในอุโมงค์เพื่อให้ง่ายต่อการซ่อมบำรุง ลดค่าใช้จ่ายในการซ่อมบำรุงในอนาคต อีกทั้งยังรักษาภาพลักษณ์และทัศนียภาพตลอดจนมลภาวะต่างๆ ที่จะเกิดจากการซ่อมบำรุงทางในสถานีซึ่งตั้งอยู่ในเขตเมืองและภายในอุโมงค์ คิดเป็นค่าใช้จ่ายการเปลี่ยนโครงสร้างทาง เป็นเงินทั้งสิ้น 2,227.57 ล้านบาท
4.ค่าใช้จ่ายอื่นๆ เช่น ค่ารับประกันผลงานจากความชำรุดบกพร่องจาก 1 ปี เป็น 2 ปี ตามระเบียบฯ ค่าดำเนินการต่างๆ และอื่นๆ เป็นจำนวนเงิน 284.39 ล้านบาท
พร้อมกันนี้ ได้เห็นชอบร่างสัญญา 2.3 โดยสาระสำคัญของร่างสัญญางานระบบราง ระบบไฟฟ้าและเครื่องกล รวมทั้งจัดหาขบวนรถไฟและจัดฝึกอบรมบุคลากร (สัญญา 2.3) มีดังนี้คือ เป็นสัญญาการจ้างรัฐวิสาหกิจซึ่งเป็นตัวแทนแห่งสาธารณรัฐประชาชนจีนที่มีประสบการณ์ตรงด้านการพัฒนารถไฟความเร็วสูงที่ได้รับการรับรองคุณภาพและประสิทธิภาพจาก National Development and Reform Commission แห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน (CHINA RAILWAY INTERNATIONAL CO., LTD. และ CHINA RAILWAY DESIGN CORPORATION) มาเป็นผู้รับจ้างก่อสร้าง ติดตั้งงานระบบราง ระบบไฟฟ้าและเครื่องกล ระบบรถไฟความเร็วสูง จัดหาขบวนรถไฟ และฝึกอบรมบุคลากร ชื่อสัญญาภาษาอังกฤษว่า The Trackwork, Electrical and Mechanical (E&M) System, EMU, and Training Contract โดยจะมีการลงนามในสัญญา 2.3 วันที่ 29 ต.ค. 2563 นี้