ข่าวสารในแวดวงอุดมศึกษาที่ "เนชั่นทีวี" เกาะติดมาตลอด ก็คือเงินเดือนของ "พนักงาานมหาวิทยาลัย" นับแสนคน ที่ถูกมหาวิทยาลัยหักเอาไว้บางส่วน ทำให้ไม่ได้รับเต็มจำนวนตามอัตราที่คณะรัฐมนตรีกำหนด โดยปัญหานี้ยืดเยื้อมานานถึง 20 ปี
มติคณะรัฐมนตรีตั้งแต่ปี 2543 กำหนดให้มีตำแหน่ง "พนักงานมหาวิทยาลัย" หรือ "พ.ม." ขึ้นมาทดแทนการบรรจุข้าราชการ เพื่อลดจำนวนข้าราชการลง อันจะเป็นการลดภาระด้านงบประมาณ โดยพนักงานมหาวิทยาลัยจะไม่มีสวัสดิการด้านการรักษาพยาบาล และเงินบำเหน็จบำนาญเหมือนข้าราชการ
มติ ครม.จึงกำหนดอัตราเงินเดือนให้มากกว่าข้าราชการ 1.7 เท่าในสายผู้สอน (อาจารย์) และ 1.5 เท่าในสายสนับสนุน โดยรัฐจ่ายเงินค่าตอบแทนนี้ตรงไปยังมหาวิทยาลัย ทำให้มหาวิทยาลัยเกือบทุกแห่ง "สบช่อง" หักเงินเอาไว้บางส่วน อ้างว่าเพื่อนำไปจัดสวัสดิการให้ แต่หลายมหาวิทยาลัยก็ไม่ได้จัดจริง และนำเงินไปใช้อย่างอื่น
ที่ผ่านมามีการฟ้องร้องต่อศาลปกครองของกลุ่มพนักงานมหาวิทยาลัย และชนะมาหลายศาลหลายมหาวิทยาลัยแล้ว เช่น มหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏบุรีรัมย์ และมหาวิทยาลัยมหาสารคาม โดยแต่ละแห่งมีพนักงานมหาวิทยาลัยรวมตัวกันฟ้องเป็นกลุ่ม บางแห่งฟ้องเป็นร้อยคน เมื่อมหาวิทยาลัยแพ้คดี ก็ต้องจ่ายเงินเดือนย้อนหลังคืน บางแห่งเป็นหลักร้อยล้านบาท จนเสี่ยงเกิดวิกฤติใหม่ขึ้นในแวดวงอุดมศึกษา