เรื่องนี้ถือเป็นอุบัติเหตุทางอากาศครั้งที่เลวร้ายที่สุดในประวัติศาสตร์ของกรีซ
เครื่องบินลำที่ประสบอุบัติเหตุครั้งนี้เป็นเครื่องรุ่น Boeing 737-31S เริ่มบินครั้งแรกเมื่อปลายปี 2540 ทางสายการบิน Helios Airways สายการบินต้นทุนต่ำของไซปรัส ได้เช่ามันมาเมื่อ 16 เมษายน 2547 และให้ชื่อเล่นมันว่า Olympia ส่วนนักบินของเครื่องในวันที่ประสบเหตุคือ Hans-Jrgen Merten ชาวเยอรมันวัย 59 ปี ที่บินมา 35 ปี โดยบินมาแล้ว 16,900 ชั่วโมง และ 5,500 ชั่วโมง เป็นการบินกับเครื่อง Boeing 737 ส่วนนักบินผู้ช่วยคือ Pampos Charalambous ชาวไซปรัสวัย 51 ปี ที่บินกับสายการบินนี้มามากมายในช่วง 5 ปีที่ผ่านมา โดยมีชั่วโมงบิน 7,549 ชั่วโมง และ 3,991 ชั่วโมง เป็นการบินกับ เครื่อง Boeing 737
ในวันนั้น บนเครื่องมีลูกเรือรวม 6 นายและผู้โดยสาร 115 คน รวมเป็น 121 คน
เครื่องบินลำนี้บินมาจากกรุงลอนดอน และมาถึงไซปรัสในช่วงเช้าวันเกิดเหตุ ลูกเรือชุดก่อนรายงานว่า พบน้ำแข็ง และมีเสียงผิดปกติมาจากประตูบริการด้านท้ายเครื่อง จึงขอให้มีการตรวจสอบประตูอย่างละเอียด วิศวกรภาคพื้นดินได้ตรวจสอบการรั่วไหลของความดันที่ประตู งานนี้ ระบบความดันจะต้องถูกเซ็ตที่ manual ก่อน แต่เมื่อเช็คเสร็จ ปรากฏว่าวิศวกรเกิดลืมเช็ตมันกลับไปที่ auto และเมื่อลูกเรือเข้าตรวจสอบระบบ 3 ครั้ง ก่อนการบินและหลังการเทคออฟ ก็ไม่เห็นความผิดปกติของการเซ็ตนี้
เครื่องบินออกเดินทางในเวลา 9:07 น. โดยที่ระบบความดัน ยังคงเซ็ตไว้ที่ manual และในที่สุดวาล์วที่ประตูด้านท้ายเครื่องก็เปิดออกบางส่วน เมื่อเครื่องบินไต่ระดับความสูง ความดันภายในห้องผู้โดยสารก็ลดลงอย่างรวดเร็ว เมื่อเครื่องขึ้นไปที่ความสูง 3,670 เมตร ระบบเตือนเรื่องความสูงในห้องนักบินก็เตือน ซึ่งตามปกติ นักบินก็ควรหยุดไต่ความสูง แต่ลูกเรือตีความการเตือนผิดไป
ในช่วงไม่กี่นาทีต่อมา ระบบเตือนของเครื่องหลายระบบก็เตือนขึ้น รวมถึงระบบที่เตือนเรื่องอากาศไหลเข้ามาน้อยเมื่อเครื่องอยู่ที่ความสูง 5,500 และมันได้จัดการปล่อยหน้ากากออกซิเจนออกมาโดยอัตโนมัติ