มีกุฎีจีน และศาลเจ้าที่เรียกว่า "เกียนอันเก๋ง" ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของวัด หมู่บ้านแห่งนี้เรียกว่า "หมู่บ้านกุฎีจีน" ถัดไปทางทิศใต้เป็นหมู่บ้านชาวโปรตุเกส เรียกว่า "หมู่บ้านกุฎีฝรั่ง" ทางด้านตะวันออกของวัดมีหมู่บ้านชาวมุสลิมเรียกว่า "กุฎีขาว" เมื่อซื้อที่ดินได้จึงสร้างวัดขึ้นใน พ.ศ. 2368 รัชกาลที่ 3 ทรงโปรดฯ ช่วยสร้างวิหารหลวงและพระองค์ทรงเสด็จพระราชดำเนินไปก่อพระฤกษ์ในวันที่ 18 พ.ค. 2380 และต่อมาทรงพระราชทานนามว่า "วัดกัลยาณมิตร"
สมัยรัชกาลที่ 4 โปรดเกล้าฯ ให้สร้าง "หอพระมณเฑียรธรรมเถลิงพระเกียรติ" เพื่อเฉลิมพระเกียรติยศ พระบรมมาตามหัยยิกา กรมพระศรีสุดารักษ์ (แก้ว) พระเชษฐภาคินีของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก และพระบรมราชมาตามหัยยิกาสุริเยนทรามาตร์ (เจ้าฟ้าหญิงบุญรอด) พระอัครมเหสีในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และเป็นพระบรมราชชนนีในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงสร้างบริเวณที่จอดแพของสมเด็จกรมพระศรีสุดารักษ์มาก่อนและเพื่อประกอบพระราชกุศลตามสมเด็จพระนั่งเกล้าฯ กับทั้งเป็นการปูนบำเหน็จเชิดชูเกียรติของเจ้าพระยานิกรบดินทร์ด้วย และพระราชทานนามพระพุทธรูปที่ประดิษฐานในพระวิหารหลวงเรียกว่า "พระโต" ว่า "พระพุทธไตรรัตนนายก"เมื่อรัชกาลที่ 5 เสด็จถวายผ้าพระกฐินพระราชทาน ณ วัดกัลยาณมิตร ในปี พ.ศ. 2445 ทรงทราบเรื่องหอพระมณเฑียรธรรมทรุดโทรมขาดทุนทรัพย์ในการซ่อมแซมจึงโปรดฯให้กรมโยธาธิการจัดการซ่อมแซมสิ่งสำคัญในพระอาราม
- พระวิหารหลวง รูปแบบสถาปัตยกรรมเป็นอาคารประธานที่สร้างขึ้นในแนวแกนประธานของเขตพุทธาวาส โดยตั้งอยู่ระหว่างพระอุโบสถและการเปรียญ หันด้านสกัดออกทางหน้าวัด รัชกาลที่ 3 ทรงโปรดเกล้าให้สร้างขึ้น ผังอาคารเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าสถาปัตยกรรมแบบประเพณี หลังคาประดับเครื่องลำยอง ช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ ไม่มีทวยรับชายคา หลังคาเป็นหลังคาชั้นลดหน้าหลัง 4 ตับ 2 ซ้อน ซ้อนสุดท้ายเป็นพะไลคลุมรอบเฉลียงพระวิหารหลวงเสาพะไลก่ออิฐถือปูนฉาบเรียบทาสีขาวไม่มีบัวหัวเสา หน้าบันแกะสลักปิดทองประดับกระจกสีเป็นลายดอกพุดตานส่วนฐานอาคารเป็นฐานปั้นปูนฐานปัทม์สองชั้น ตัวอาคารมีทางเข้าด้านสกัดทั้งหน้าและหลัง ฝาเพดานภายในฉลุลายดาวเพดานปิดทองบนพื้นสีแดง
- พระประธาน ภายในวิหารหลวงเป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย องค์พระประทานก่ออิฐถือปูนลงรักปิดทอง ขนาดหน้าตักกว้างประมาณ 11.75 เมตร สูง 15.44 เมตร รัชกาลที่ 3 ทรงเสด็จพระราชดำเนินไปก่อพระฤกษ์ในวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2380 ชาวบ้านเรียกพระประธานองค์นี้ว่า "พระโต" ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 4 ทรงพระราชทานนามใหม่ว่า "พระพุทธไตรรัตนนายก"
- พระอุโบสถ วัดกัลยาณมิตรเป็นสถาปัตยกรรมรูปแบบพระราชนิยมในรัชกาลที่ 3 คือลักษณะของอาคารนำเอาศิลปะจีนเข้ามาตกแต่ง มีพะไลรอบ พะไลมีเสาทั้งหมด 30 ต้น เสาพะไลไม่มีบัวหัวเสา ลบมุมเสาด้วยบัวเล็บมือ เฉลียงด้านสกัดมีความกว้างทั้งสองด้านเท่ากัน หลังคาพระอุโบสถเป็นหลังคาชั้นลด หลังคา 3 ตับ 2 ซ้อน ตับสุดท้ายเป็นพะไลคลุมเฉียงรอบ หน้าบันพระอุโบสถเป็นแบบกระเท่เซร ใช้การประดับกระเบื้องเคลือบสีเป็นลายแผง ตัวอาคารด้านสกัดทั้งสองด้านของพระอุโบสถ เจาะช่องประตูด้านละ 2 ช่อง ผนังด้านยาวเจาะช่องหน้าต่างแบบบานแผละด้านละ 5 ช่อง ประตูหน้าต่างปั้นปูนเป็นซุ้มเรือนแก้วประดับกระจก เสารวมด้านในเขียนลายประจำยาม ตอนล่างเขียนลายกรวยเชิง ฝาผนังภายในเขียนลายจิตกรรมฝาผนังเรื่องการดำเนินชีวิตในสมัยนั้น พระประธานเป็นพระพุทธรูปปางปาลิไลย์