จุดเริ่มต้นของเหตุการณ์ เกิดขึ้นจากเที่ยวบินช่วงบ่ายถึงค่ำวานนี้ (3 เม.ย.63) มีผู้โดยสารคนไทยเดินทางเข้ามายังสนามบินสุวรรณภูมิ จำนวน 158 คน จาก 5 เที่ยวบิน คือ JL0031 จากญี่ปุ่น จำนวน 73 คน / NH0847 จากญีปุ่น 18 คน / TG0641 จากญี่ปุ่น 12 คน / QR0832 จากกาตาร์ 11 คน และ / SQ0976 จาก สิงคโปร์ 44 คน
ผู้โดยสารไทยกลุ่มนี้ไม่ยอมเข้ารับการกักตัวในสถานที่ที่รัฐจัดให้ อ้างว่าพวกตนเดินทางก่อนที่มาตรการใหม่ของรัฐบาลจะประกาศใช้ และยังได้รับใบรับรองการเดินทางจากสถานทูต สถานกงสุล รวมถึงใบรับรองแพทย์ยืนยันว่าพร้อมบินครบถ้วนตามมาตรการเก่า ส่วนมาตรการใหม่ที่ต้องให้กักตัวทุกคน พวกตนไม่ทราบมาก่อน เพราะอยู่ระหว่างเดินทาง
การพูดคุยเจรจาไม่เป็นผล จนเกิดการกระทบกระทั่งกัน ประกอบกับผู้โดยสารต้องรอนาน เนื่องจากไม่มีเจ้าหน้าที่คนใดกล้าตัดสินใจ จึงต้องมีฝ่ายทหารยศนายพลเข้าเจรจา สุดท้ายทางเจ้าหน้าที่กรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข ในฐานะผู้บัญชาการเหตุการณ์ ได้ตัดสินใจอนุญาตให้ผู้โดยสารกลุ่มนี้กลับไปกักตัวที่บ้านเป็นเวลา 14 วัน เพื่อไม่ให้เกิดความวุ่นวายขยายวงไปกว่านี้ แต่ทางเจ้าหน้าได้บันทึกทำประวัติ ทั้งชื่อ ที่อยู่ เบอร์ติดต่อ สามารถตรวจสอบได้
มีรายงานว่าในคืนเดียวกันนั้น ทางกลุ่มผู้โดยสารกลุ่มแรก 158 คน มี 6 คนยินยอมถูกกักตัว จึงเหลือผู้โดยสาร 152 คนที่ยังไม่เข้ากระบวนการ ซึ่งเจ้าหน้าที่ให้เวลาถึง 18.00 น.วันนี้