เมื่อเช้าวันอาทิตย์ที่ 29 มี.ค.63 นักศึกษาไทยที่ศึกษาอยู่ในประเทศปากีสถานจำนวน 237 คน ได้เดินทางกลับถึงประเทศไทยโดยเครื่องบินเช่าเหมาลำ ลงที่ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ โดยนักศึกษาเหล่านี้ส่วนใหญ่มีพื้นเพอยู่ในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ จากนั้นได้ทยอยเดินทางกลับภูมิลำเนา
ผลการคัดกรองที่สนามบิน พบว่ามีไข้ 13 คน จึงถูกกักตัวชั่วคราว ส่วนนักศึกษาที่เหลือหลังคัดกรองเสร็จแล้ว มีหน่วยงานรัฐนำรถบัสไปรับ และส่งกลับภูมิลำเนา มีทั้งที่ จ.สงขลา ปัตตานี ยะลา นราธิวาส เชียงใหม่ ปทุมธานี และกรุงเทพมหานคร
ต่อมา ช่วงเช้าของวันจันทร์ที่ 30 มี.ค. นักศึกษาไทยจากปากีสถาน จำนวน 34 ราย เดินทางถึง จ.ยะลา โดยนั่งรถโดยสารประจำทางแบบเหมา จำนวน 2 คัน จากสนามบินสุวรรณภูมิ มุ่งสู่บ้านเกิด จ.ยะลา
เมื่อขบวนรถผ่านจุดตรวจที่ด่านบ้านคลองทรายใน ต.ยุโป อ.เมืองยะลา เจ้าหน้าที่ขนส่งจังหวัดยะลา พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่ฝ่ายปกครองเมืองยะลา ได้นำขบวนรถของนักศึกษาไทยจากปากีสถานไปยังศูนย์สังเกตุอาการระดับอำเภอ ตั้งอยู่ภายในศูนย์พัฒนาการสาธารณสุขชายแดนภาคใต้ เพื่อตรวจสุขภาพ กรณีที่มีภาวะเสี่ยง ก็จะกักตัวอยู่ที่ศูนย์แห่งนี้เลย เพื่อตรวจหาเชื้อโควิด-19 หากพบเชื่อก็จะคัดแยกส่งโรงพยาบาลทันที ส่วนนักศึกษาที่ไม่มีภาวะเสี่ยง ให้ส่งกลับไปกักตัวเองเป็นเวลา 14 วันที่ศูนย์สังเกตอาการระดับอำเภอที่ตนเองมีภูมิลำเนาต่อไป
ที่ จ.นราธิวาส ใช้อาคารศูนย์ยาเสพติด กองบังคับการกองอาสารักษาดินแดนจังหวัดนราธิวาส เป็นสถานที่กักตัว 14 วัน หรือ Local quarantine สำหรับนักศึกษาไทยที่กลับจากปากีสถาน และมีภูมิลำเนาอยู่ใน จ.นราธิวาส จำนวน 111 คน โดยทั้งหมดจะถูกคัดกรองด้วยมาตรการเดียวกันกับ จ.ยะลา
ที่ จ.ปัตตานี ใช้อาคารกีฬาในร่ม สนามกีฬากลางองค์การบริหารส่วนจังหวัดปัตตานี เป็นสถานที่คัดกรองนักศึกษาไทยที่กลับจากปากีสถานจำนวน 57 คน ผลการตรวจคัดกรองในเบื้องต้น ยังไม่พบว่านักศึกษาคนใดมีไข้สูง เจ้าหน้าที่จึงนำตัวนักศึกษาทั้งหมดเข้ากักตัวที่หอพัก 7 ภายในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์วิทยาเขตปัตตานี เป็นเวลา 14 วัน โดยมีเจ้าหน้าที่เฝ้าติดตามดูอาการอย่างใกล้ชิด เพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของเชื้อโควิด-19 ซึ่งนักศึกษาทั้งหมดไม่มีอาการเครียดแต่อย่างใด พร้อมรับคำแนะนำและปฏิบัติตามคำสั่งการกักดูอาการจากแพทย์ เพื่อรอกลับไปพบครอบครัวตามกำหนด