นักวิชาการอาวุโส สถาบันคลังสมองของชาติ สมพร อิศวิลานนท์ ระบุ ข้อกังวลเกี่ยวกับเมล็ดพันธุ์ข้าวที่มีการกำหนดให้ต้องขึ้นทะเบียน ซึ่งกลายเป็นข้อจำกัดที่จะกระทบกับชาวนาที่มีการเพาะปลูกและปรับปรุงพันธุ์ข้าวของตัวเองทั้งที่เป็นวิถีการเพาะปลูกปกติ รวมทั้งนักวิจัยพันธุ์ข้าวของหน่วยงานต่างๆ เช่น ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพ หรือไบโอเทคที่ทำงานในเรื่องนี้อาจได้รับผลกระทบเนื่องจากเมื่อ พ.ร.บ.ออกมาอาจกลายเป็นว่าผิดกฎหมาย
ขณะเดียวกันข้อจำกัดในเรื่องการพัฒนาพันธุ์ข้าวจากร่าง พ.ร.บ.ข้าวจะทำให้การแข่งขันของพันธุ์ข้าวไทยเสียเปรียบประเทศคู่แข่งในการส่งออกข้าว เช่น เวียดนามที่มีการพัฒนาพันธุ์ข้าวขึ้นมาแข่งกับไทยอย่างต่อเนื่อง
หากการพัฒนาพันธุ์ข้าวซึ่งเคยดำเนินการตามวิถีเดิมไม่สามารถทำได้ก็จะส่งผลกระทบต่อตลาดเมล็ดพันธุ์ข้าวตลาดก็ไม่เกิดการแข่งขัน การพัฒนาพันธุ์ข้าวก็ทำไม่ได้ เนื่องจากสภาวะควบคุมจะนำไปสู่การผูกขาด ไม่เอื้อให้เกิดการพัฒนาพันธุ์ทั้งจากชาวนาและจากนักวิทยาศาสตร์ที่ทำงานด้านนี้ ทำให้ตลาดเมล็ดพันธุ์ข้าวที่คาดแคลนอยู่แล้วมีปัญหามากขึ้น