ร.ฟ.ท.มีแผนพัฒนาในช่วง 10 ปีข้างหน้า (2562-2572) คือแผนพัฒนาเส้นทางรถไฟที่จะเพิ่มขึ้น จากปี 2494 ที่มีแนวเส้นทางเพียง 3,377 กิโลเมตร ในปี 2561 เพิ่มขึ้นมาเป็น 4,044 กิโลเมตร และในปี 2566 จะมีทางรถไฟเพิ่มขึ้นถึง 4,370 กิโลเมตร เพิ่มต่อเนื่องในปี 2572 จะมีเส้นทางอยู่ที่ 5,367 กิโลเมตร ซึ่งเกิดจากแผนพัฒนารถไฟทางคู่ในระยะที่ 1 รวม 7 เส้นทาง ระยะทาง 993 กิโลเมตร และยังมีแผนพัฒนาทางคู่ในระยะที่ 2 อีก 7 เส้นทาง 1,483 กิโลเมตร รวมถึงเส้นทางสายใหม่ 2 เส้นทาง 681 กิโลเมตร
ส่วนการพัฒนาระบบรถไฟฟ้านั้นในปี 2564 รถไฟชานเมืองสายสีแดง ช่วงบางซื่อ-รังสิต จะเปิดให้บริการ ขณะที่รถไฟชานเมืองส่วนต่อขยายช่วงรังสิต-ม.ธรรมศาสตร์ และเส้นทาง Missing Link หรือสีแดงอ่อน ช่วงตลิ่งชัน-ศาลายา และตลิ่งชัน-ศิริราช คาดว่าจะเริ่มก่อสร้างได้ภายในปีนี้ ซึ่งในประชุมคณะกรรมการ (บอร์ด) วันที่ 8 ก.พ. ฝ่ายบริหารเตรียมเสนอขออนุมัติหลักการเพื่อปรับระบบรางรถไฟดีเซลช่วงบางซื่อ-รังสิต ให้เป็นระบบรถไฟไฟฟ้านำร่องเป็นเส้นทางแรกด้วย