ตามมติที่ประชุมคณะกรรมการคดีพิเศษ 3/2553 วันที่ 16 เม.ย. 2553 ให้คดีการชุมนุมของกลุ่ม นปช. เป็นคดีพิเศษ และให้การกระทำความผิดทางอาญา กรณีก่อการร้าย การขู่บังคับให้รัฐบาลกระทำการใดๆ การทำร้ายประชาชนและเจ้าหน้าที่รัฐ และกระทำต่ออาวุธยุทธภัณฑ์ของทางราชการ อันเกี่ยวกับการชุมนุมที่มิชอบด้วยกฎหมายในช่วงปลายปี 2552 รวมถึงความผิดที่ต่อเนื่องหรือเกี่ยวพันกัน นั้น
กรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) ได้สอบสวนดำเนินคดี รวม 371 คดี แบ่งเป็น 4 กลุ่มดังนี้ กลุ่ม 1 การก่อการร้าย 155 คดีสอบสวนเสร็จสิ้นทั้งหมดแล้ว กลุ่ม 2 คดีขู่บังคับรัฐบาล 25 คดีสอบสวนเสร็จสิ้นทั้งหมดแล้ว กลุ่ม 3 คดีการทำร้ายประชาชนและเจ้าหน้าที่รัฐ 169 คดี สอบสวนเสร็จ 154 คดี และกลุ่ม 4 คดีการกระทำต่ออาวุธยุทธภัณฑ์ของทางราชการ 21 คดี สอบสวนเสร็จสิ้นทั้งหมดแล้ว
ทั้งนี้ กลุ่มที่ 3 ที่ยังอยู่ระหว่างการสอบสวน 15 คดีในข้อเท็จจริง พนักงานสอบสวนคดีพิเศษได้สอบสวนเสร็จสิ้นและส่งไปยังพนักงานอัยการแล้ว แต่เนื่องจากคดีกลุ่มดังกล่าวจะมีการกล่าวหานายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ นายสุเทพ เทือกสุบรรณ และผู้บริหารระดับสูง ในความผิดฐานใช้ให้ผู้อื่นกระทำผิดฐานฆ่าผู้อื่น จากการสั่งการให้สลายการชุมนุม ฯ รวมอยู่ด้วย ซึ่งเมื่อ พ.ศ.2560 ศาลฎีกาพิจารณาเห็นว่าข้อหาดังกล่าวเป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ ป.ป.ช. พนักงานอัยการจึงคืนสำนวนให้พนักงานสอบสวนคดีพิเศษเพื่อส่งสำนวนให้คณะกรรมการ ป.ป.ช. ซึ่งดีเอสไอ ได้ส่งสำนวนการสอบสวนไปยังคณะกรรมการ ป.ป.ช.แล้ว
ในส่วนของดีเอสไอ อยู่ระหว่างสอบสวนในประเด็นผู้ลงมือกระทำให้มีผู้เสียชีวิต และได้รับบาดเจ็บ ตามมติของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ซึ่งพนักงานอัยการ ขอให้พนักงานสอบสวนคดีพิเศษ แยกสำนวนการสอบสวนตามจำนวนผู้เสียชีวิต และผู้ได้รับบาดเจ็บ อีก 15 คดี เนื่องจากเห็นว่าแม้ผู้ตาย และผู้บาดเจ็บจะอยู่ในที่เกิดเหตุหรือเหตุการณ์เดียวกัน แต่ยังพิสูจน์ไม่ได้ว่าเกิดจากการกระทำของบุคคลคนเดียวกัน