แต่พบมีการปนเปื้อนของเชื้อจุลินทรีย์จากสิ่งแวดล้อมได้ เช่น เศษใบไม้ ฝุ่นละออง น้ำฝนหรือน้ำผิวดินที่ไหลผ่านแหล่งพักเชื้อ เป็นต้น ส่วนบ่อแช่ที่เป็นกิจกรรม ที่นิยมนั้น อาจมีโอกาสในการตรวจพบเชื้อสูงขึ้นทั้งชนิดและปริมาณตามจำนวนการใช้ของนักท่องเที่ยว ดังนั้นนักท่องเที่ยวควรชำระล้างร่างกายให้สะอาดก่อนใช้บริการและผู้ประกอบการควรทำความสะอาดบ่อแช่ก่อนและหลังการใช้อย่างสม่ำเสมอ
นายแพทย์โอภาส การย์กวินพงศ์ อธิบดีกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กล่าวว่า บ่อน้ำร้อนธรรมชาติเกิดจากน้ำใต้ดินที่ถูกความร้อนและแรงอัดภายใต้พื้นโลกไหลขึ้นมาตามรอยเลื่อน น้ำจะมีคุณสมบัติตามปริมาณแร่ธาตุที่ละลายอยู่ในชั้นหินที่น้ำไหลผ่าน ดังนั้น ความร้อนและแร่ธาตุจึงเป็นองค์ประกอบหลักที่สำคัญในการกำหนดคุณภาพของบ่อน้ำร้อนบำบัดรักษาหรือเชิงสุขภาพในพื้นที่ภาคใต้พบแหล่งน้ำพุร้อน จำนวน 33 แหล่ง อุณหภูมิน้ำร้อนที่ผิวดินอยู่ระหว่าง 4080 องศาเซลเซียส แต่ละพื้นที่ได้มีการปรับปรุงสภาพแวดล้อมของบ่อ และส่งเสริมให้เป็นแหล่งท่องเที่ยวเชิงสุขภาพ ประเภทน้ำพุร้อนธรรมชาติ ดังนั้นเพื่อเป็นการเฝ้าระวังและคุ้มครองผู้บริโภค ในปีประมาณ พ.ศ. 2560-2561 กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ โดยศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ 11 สุราษฎร์ธานี จึงได้สุ่มสำรวจคุณภาพน้ำจากบ่อน้ำร้อนในพื้นที่ภาคใต้ตอนบน จังหวัดชุมพร ระนอง สุราษฎร์ธานี และนครศรีธรรมราช โดยเก็บตัวอย่างน้ำจากบ่อน้ำร้อนต้นกำเนิด จำนวน 26 แหล่ง ผลการตรวจวิเคราะห์ทางกายภาพและทางเคมี ส่วนใหญ่ผ่านเกณฑ์มาตรฐานน้ำบริโภคมีเพียงบางแห่งปริมาณฟลูออไรด์ที่เกินเกณฑ์กำหนด (2 มิลลิกรัมต่อลิตร) ดังนั้นการนำไปผลิตเป็นน้ำดื่มประเภทน้ำแร่ธรรมชาติในภาชนะบรรจุที่ปิดสนิท ต้องแสดงคำเตือนในฉลากว่าไม่เหมาะสมสำหรับเด็กที่มีอายุต่ำกว่า 7 ปี ตามประกาศกระทรวงสาธารณสุข เนื่องจากมีปริมาณฟลูออไรด์เกินเกณฑ์กำหนด อาจทำให้ผิวสีฟันตกกระได้