ด้านการทำงานถือว่า เป็นลูกหม้อ ป.ป.ช. โดยเริ่มเข้ารับราชการ เมื่อปี 2531 ในตำแหน่งนิติกร 3 สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตประพฤติมิชอบในวงราชการ (ป.ป.ป.) ปี 2547 เติบโตในอาชีพการงาน เป็นเจ้าพนักงาน ป.ป.ช. ระดับ 8 ประเภทกลุ่มปฏิบัติการ ปี 2550 เมื่อจบปริญญาโท เป็นเจ้าพนักงาน ป.ป.ช. ระดับ 9 ประเภทกลุ่มปฏิบัติการ ปี 2554 เป็นผอ.สำนักงาน ป.ป.ช. จังหวัดเขตพื้นที่ 6 (พิษณุโลก) ประเภทตำแหน่ง ผู้อำนวยการระดับสูง ปี 2555 เป็น ผอ.ป.ป.ช.พิษณุโลก ปี 2557 เป็น ผอ.สำนักกฎหมาย ประเภทผู้อำนวยการระดับสูง
กระทั่ง ต.ค.2557 สมัครเข้ารับการคัดเลือกเป็นผู้ช่วยเลขาธิการ ป.ป.ช. ฝ่ายตรวจราชการ และได้รับการคัดเลือกให้ดำรงตำแหน่ง มาจนถึงปัจจุบัน กำกับดูแลในเขตพื้นที่ภาคกลาง
ประวัติการเข้าอบรม หลักสูตรการเสริมสร้างสังคมสันติสุข รุ่นที่ 3 สถาบันพระปกเกล้า (พฤษภาคม 2554 เมษายน 2555) นักบริหารยุทธศาสตร์การป้องกันและปราบปรามการทุจริตระดับสูง รุ่นที่ 4 (พฤษภาคม 2556 ตุลาคม 2556)
ประวัติการดูงาน ด้านการปราบปรามการทุจริตในประเทศอียิปต์ เมื่อปี 2552 ด้านการเสริมสร้างสันติภาพในสังคมที่ประเทศเกาหลีใต้ เมื่อปี 2555และด้านการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในจีน เมื่อปี 2556
ผลงานสำคัญ เป็นคณะทำงานแก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ.2561 คณะอนุกรรมการตรวจราชการ คณะอนุกรรมการปฏิรูปกฎหมายป้องกันและปราบปรามการทุจริต
ด้านประวัติทางวินัยและความประพฤติหรือข้อที่ควรปรับปรุงแก้ไขอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติหน้าที่ราชการ นายพิเศษ ไม่มีประวัติด่างพร้อยใดๆ
พ.ต.อ.ปริญญา เหลืองอุทัย ผู้กำกับการสถานีตำรวจนครบาลทุ่งสองห้อง เปิดเผยว่า นายพิเศษ นาคะพันธุ์ ผู้ช่วยเลขาธิการฯ ป.ป.ช. ผู้ก่อเหตุชักปืนข่มขู่คู่กรณีที่ขับรถตามในศูนย์ราชการแจ้งวัฒนะ เดินทางมาพบพนักงานสอบสวนแล้ว เบื้องต้นมีการแจ้ง 3 ข้อกล่าวหา คือ มีอาวุธปืนโดยไม่ได้รับอนุญาต ,พกพาอาวุธปืนโดยไม่ได้รับอนุญาต ,ใช้อาวุธปืนข่มขู่ผู้อื่น ส่วนเรื่องการตรวจสอบอาวุธปืนต้องรอหลังการไปตรวจค้นที่บ้านพัก หากพบเป็นปืนที่ไม่ได้รับอนุญาต จะมีการแจ้งข้อกล่าวหาเพิ่มต่อไป