ที่ประชุม คปต.มี พลเอก ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรีฝ่ายความมั่นคง เป็นประธาน มีวาระพิจารณาหลายเรื่อง และหนึ่งในนั้นคือการพิจารณาปรับโครงสร้างคณะพูดคุยเพื่อสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ หลังจากมาเลเซียเปลี่ยนผู้นำรัฐบาล และเปลี่ยนตัวผู้อำนวยความสะดวกกระบวนการพูดคุยคนใหม่ ที่ประชุมมีข้อเสนอให้เปลี่ยนตัวหัวหน้าคณะพูดคุยเพื่อสันติสุขฯ จาก พล.อ.อักษรา เกิดผล ที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี เป็น พล.อ.อุดมชัย ธรรมสาโรรัชต์ อดีตแม่ทัพภาคที่ 4 โดยจะมีการนำเสนอให้นายกรัฐมนตรี พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา พิจารณาตัดสินใจอีกครั้ง โดยเรื่องนี้ต้องได้ข้อสรุปก่อนที่ ดร.มหาธีร์ โมฮาหมัด นายกรัฐมนตรีมาเลเซียจะเดินทางเยือนไทยอย่างเป็นทางการในช่วงปลายเดือนตุลาคมนี้ เพราะจะมีวาระหารือกันของผู้นำทั้งสองประเทศเกี่ยวกับกระบวนการพูดคุยเพื่อสันติสุขฯ ด้วย ที่ผ่านมามีข่าวมาตลอดว่ารัฐบาลไทยอาจพิจารณาเปลี่ยนตัวหัวหน้าคณะพูดคุยฯ จาก พล.อ.อักษรา เป็นบุคคลอื่น เพื่อให้สอดรับกับแนวทางการพูดคุยใหม่ที่จะมีขึ้นหลังได้ตัวผู้อำนวยความสะดวกคนใหม่