ปัญหาวัดบางคลาน สรุปง่ายๆ แบบนี้ วัดแห่งนี้มีชื่อเสียงโด่งดังเรื่องวัตถุมงคล โดยเฉพาะ "พระเครื่องหลวงพ่อเงิน" ที่สนนราคาอยู่ในหลักล้านบาท ที่ผ่านมามีเงินบริจาคจากญาติโยม และเงินจากการจำหน่ายวัตถุมงคลไหลเข้าวัดจำนวนมาก จนมีการตั้งข้อสงสัยเกี่ยวกับความไม่โปร่งใสในการบริหารจัดการเงินวัด กระทั่งมีการร้องเรียนให้พระผู้ปกครองคณะสงฆ์ตรวจสอบ ผลปรากฏว่าข้อกล่าวหามีมูล เจ้าคณะใหญ่หนเหนือ จึงมีคำสั่งให้ พระครูวิสิฐสีลาภรณ์ ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสอยู่ช่วงก่อนปี 57 ยุติการปฏิบัติหน้าที่ จากนั้นก็ตั้ง พระครูพิสุทธิวรากร เจ้าอาวาสวัดหนองดง จังหวัดพิจิตร ทำหน้าที่รักษาการในตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดบางคลานแทน และมีหน้าที่ตรวจนับทรัพย์สิน เงินบริจาค ตลอดจนศาสนสมบัติ และวัตถุมงคลของวัด
แต่ปัญหายังไม่จบ เพราะมีชาวบ้านหลายร้อยคนที่ยังคงเชื่อถือศรัทธาอดีตเจ้าอาวาส และไม่ยอมรับรักษาการเจ้าอาวาส ทำให้เกิดการชุมนุมประท้วงปิดวัด ล้อมกุฏิอดีตเจ้าอาวาส ตลอดจนวิหารหลวงพ่อเงิน ไม่ให้คณะทำงานของรักษาการเจ้าอาวาสเข้าไปตรวจนับทรัพย์สินได้ มีการฟ้องร้องคดีกันมากมาย แต่ก็ไม่เป็นผล สถานการณ์ยังคงตึงเครียดเรื่อยมา