โครงการก่อสร้างอาคารป้องกันตลิ่ง 2 แห่งนี้ ถูกคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ หรือ ป.ป.ท. ตรวจสอบความไม่โปร่งใส โดย พันโทกรทิพย์ ดาโรจน์ เลขาธิการ ป.ป.ท.ลงพื้นที่ด้วยตนเองเมื่อเดือนกรกฎาคมที่ผ่านมา และพบความผิดปกติ ก่อสร้างผิดสเปคจำนวนมาก แต่ข้าราชการทั้ง 4 รายที่เป็นนายช่างควบคุมงาน และคณะกรรมการตรวจการจ้าง กลับยอมตรวจรับงานและอนุมัติให้ผู้รับเหมาเบิกงบประมาณไปเรียบร้อยตั้งแต่ปลายปีที่แล้ว ต่อมาบอร์ด ป.ป.ท.จึงมีมติตั้งอนุกรรมการไต่สวน เพื่อแจ้งข้อหาและดำเนินคดีอาญากับผู้เกี่ยวข้องทั้งหมด เป็นข้าราชการ 4 รายและบริษัทผู้รับเหมา 1 แห่ง
ระหว่างที่ ป.ป.ท.ดำเนินการเรื่องนี้ กรมชลประทานก็ได้สั่งย้ายข้าราชการทั้ง 4 รายออกจากพื้นที่ พร้อมตั้งคณะกรรมการขึ้นมาสอบสวนข้อเท็จจริง กำหนดระยะเวลา 30 วัน ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2561 เรื่องมาตรการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของข้าราชการหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐ ล่าสุดคณะกรรมการได้สรุปผลสอบสวนออกมาแล้วว่าข้อกล่าวหามีมูล ให้ตั้งคณะกรรมการสวบสวนวินัยร้ายแรง ขณะเดียวกันก็ได้สั่งพักราชการข้าราชการทั้ง 4 ราย และให้ออกจากราชการไว้ก่อนด้วย โดยทั้งหมดจะไม่ได้เงินเดือนและค่าตอบแทนในระหว่างกระบวนการสอบสวนวินัยร้ายแรง