เรื่องนี้เคยเป็นคดีอาญา เพราะเจ้าหน้าที่กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง เข้าตรวจสอบและยึดอาคารพร้อมสิ่งปลูกสร้างเป็นของกลาง และแจ้งความดำเนินคดีอดีตผู้บริหารมหาวิทยาลัย ฐานบุกรุกทำลายป่าชายเลน แต่อัยการกลับมีความเห็น "สั่งไม่ฟ้อง" อ้างว่าอดีตผู้บริหารมหาวิทยาลัยไม่มีเจตนาบุกรุก ต่อมามีการเรียกค่าเสียหายทางแพ่ง กรณีทำลายป่าชายเลน เป็นเงิน 2 ล้าน 5 แสนบาท แต่คดีก็ไม่คืบหน้า ทั้งๆ ที่จะหมดอายุความในปีหน้านี้แล้ว ส่วนทางมหาวิทยาลัยเองก็มีคำสั่งให้อดีตอธิการบดีชดใช้ค่าสินไหมทดแทน เป็นเงินกว่า 64 ล้านบาท ซึ่งเป็นงบประมาณค่าก่อสร้างที่สูญเสียไป จากทั้งหมด 125 ล้าน แต่จนถึงขณะนี้ก็ไม่คืบหน้าเช่นกัน และอาคารทั้งหมดก็ถูกปล่อยทิ้งร้าง เป็นอนุสาวรีย์ป่าชายเลนแหว่ง ไม่สามารถใช้งานได้จนถึงปัจจุบัน
ช่วง 2-3 ปีหลัง มีความเคลื่อนไหวของทางมหาวิทยาลัย ด้วยการทำเรื่องขอผ่อนผันมติคณะรัฐมนตรี เพื่อขออนุญาตใช้พื้นที่ป่าชายเลนได้ โดยอ้างเหตุผลเพื่อการศึกษา ที่ผ่านมา ครม.ได้หารือกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง 6 หน่วยงาน เพื่อขอความเห็นในเรื่องนี้
ปรากฏว่ามี 4 หน่วยงานจาก 6 หน่วยงาน คือ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ , กระทรวงมหาดไทย , สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา และสภาพัฒน์ เห็นควรให้มีการผ่อนผัน โดยเหตุผลเรื่องสนับสนุนการศึกษา แต่มีเงื่อนไขให้กำหนดเขตและแนวรั้วให้ชัดเจนก่อน ขณะที่อีก 2 หน่วยงาน คือ คณะกรรมการติดตามและตรวจสอบการใช้จ่ายงบประมาณภาครัฐ หรือ คตร. กับ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เห็นว่าให้หาข้อมูลเพิ่มเติม และให้รอผลคดีแพ่งและอาญาเสียก่อน