ปฎิบัติการของตำรวจเริ่มขึ้นพร้อมกันตั้งแต่เวลา 6 โมงเช้า แบ่งกำลังเข้าค้นรวม 4 วัด 3 วัดแรกเกี่ยวกับคดีทุจริตเงินทอนวัด เริ่มจากวัดแรกคือวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร มีพระสงฆ์ที่ถูกออกหมายจับ 4 รูป ในข้อร่วมกันฟอกเงิน โดยตำรวจนำกำลังไปปิดล้อมทางเข้าออกทุกประตู สามารถจับกุมได้ 2 รูป คือ พระศรีคุณาภรณ์ หรือพระมหาบุญทวี คำมา ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสระเกศ และพระครูสิริวิหารการสมจิตร จันทร์ศรี ตำแหน่งผู้ช่วยเจ้าอาวาสเช่น ส่วนพระวิจิตรธรรมาภรณ์ หรือ เจ้าคุณเทอด ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดอีกคนไปรักษาตัวอยู่ที่โรงพยาบาล ตำรวจจึงตามไปอายัดตัว แล้วจึงนำตัวพระทั้ง 3 รูป ไปสอบสวนที่กองปราบปราม
ส่วนพระพรหมสิทธิ เจ้าอาวาสวัดสระเกศ ซึ่งมีตำแหน่งเป็นกรรมการมหาเถระสมาคม หรือ มส. และยังเป็นเจ้าคณะภาค10นั้นยังไม่พบตัว ตรวจสอบภายในกุฎิพบสมุดบัญชีเงินฝาก 10 บัญชี มีเงินฝากกว่า 130 ล้านบาท
ขณะเดียวกันกำลังชุดที่ 2เข้าตรวจค้นที่วัดสามพระยา จับกุมพระพรหมดิลก เจ้าอาวาสวัดสามพระยา มีตำแหน่งเป็นทั้งกรรมการ มส. และเจ้าคณะกรุงเทพมหานคร และพระอรรถกิจโสภณ เลขาเจ้าคณะกรุงเทพ ผู้ต้องหาตามหมายจับข้อหาร่วมกันฟอกเงิน และนำตัวมาสอบสวนที่กองปราบปราม ชุดที่สามเข้าตรวจค้นวัดสัมพันธวงศารามวรวิหาร แต่ไม่พบตัว พระพรหมเมธี ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศาราม กรรมการ มส. และเจ้าคณะภาค4-7 ซึ่งเป็นผู้ต้องหาตามหมายจับข้อหาร่วมกันฟอกเงิน เจ้าหน้าที่จึงได้ตรวจค้นหาเอกสารหลักฐานและจะติดตามตัวมาดำเนินคดีต่อไป
ขณะที่กำลังชุดที่ 4 ชุดนี้ต้องนำกำลังไปเยอะหน่อย คือที่วัดอ้อน้อย จังหวัดนครปฐม ต้องระดมกำลังคอมมานโดกองปราบพร้อมอาวุธครบมือ 200 นาย ไปจับกุมพระพุทธอิสระ ในข้อหาสนับสนุนให้มีการปล้นทรัพย์ จากกรณีนำกลุ่มผู้ชุมนุม กปปส. เวทีแจ้งวัฒนะ ไปปล้นอาวุธปืนของตำรวจสันติบาล พบพระพุทธอิสระอยู่ห้องนอน จึงได้คุมตัวมาดำเนินคดีที่กองปราบปราม
ผู้บังคับการกองปราบปราม พลตำรวจตรี ไมตรี ฉิมเฉิด บอกว่า จากการตรวจสอบพบว่าทั้ง3วัดไม่ได้มีการนำเงินอุดหนุนการศึกษาฯ ไปใช้จ่ายตามวัตถุประสงค์ แล้วยักย้ายเงินส่วนนี้เข้าบัญชีกลุ่มคนใกล้ชิดของตัวเองในรูปแบบต่างๆ
ขณะที่ผู้บัญชาการสอบสวนกลาง พลตำรวจโท ฐิติราช หนองหารพิทักษ์ ก็เดินทางเข้ามาสอบปากคำพระสงฆ์ที่ถูกจับกุมด้วยตัวเอง พลตำรวจโท ฐิติราช ก็บอกยืนยันว่า คดีนี้ทำไปตามหลักฐานที่พบทุกอย่าง ใครผิดก็ว่าไปตามผิด ก็ขอให้ลูกศิษย์วัดเข้าใจการทำงานของเจ้าหน้าที่ตำรวจด้วยโดยขอให้แยกแยะระหว่างศาสนากับตัวบุคคล