ปฏิบัติการ "ดงขมิ้นใสสะอาด" จะดำเนินการไป 3 ด้านพร้อมกัน คือ
1.ปราบปรามเงินทอนวัด เพื่อตัดเส้นทางผลประโยชน์ งานนี้รับผิดชอบโดยตำรวจ ปปป. ขณะนี้ดำเนินการเสร็จสิ้นไปแล้ว 3 เฟส ส่งสำนวนให้ ป.ป.ช.แล้ว ปัจจุบันกำลังดำเนินการเฟส 4
2.ขึ้นบัญชีพระ-เณรที่มีพฤติกรรมไม่เหมาะสม งานนี้รับผิดชอบโดยตำรวจกองปราบ และ ปอท. เพื่อติดตามการแสดงออกของพระและเณรที่ประพฤติไม่เหมาะกับ "สมณสารูป" เช่น ดื่มสุรา ใช้สื่อสังคมออนไลน์แบบเลยเถิด หรือประเภทพระตุ๊ด เณรแต๋ว ล่าสุดมีการขึ้นบัญชีพระ-เณรที่มีพฤติกรรมไม่เหมาะสมเอาไว้มากกว่า 100 รูป
3.การปฏิรูปเชิงโครงสร้างเพื่อรื้อระบบการปกครองคณะสงฆ์บางส่วน ลดปัญหาการเล่นพรรคเล่นพวก และจัดระเบียบเงินวัดใหม่ ส่วนนี้มีการตั้ง "คณะทำงานพิเศษ" ขึ้นมาดำเนินการ มีส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเข้าร่วม โดยเฉพาะสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ หรือ พศ.
สำหรับการจัดระเบียบเงินวัด มีการศึกษาข้อมูลพบว่า "เงินวัด" หรือที่เรียกว่า "ศาสนสมบัติของวัด" ปัจจุบันมีความทับซ้อนกันระหว่าง "เงินบริจาค" กับ "ทรัพย์สินส่วนตัวของพระ"
โดยพบปัญหาเชิงโครงสร้าง คือการแต่งตั้ง "ไวยาวัจกร" หรือผู้จัดประโยชน์ของวัด เป็นอำนาจของ "เจ้าอาวาส" แต่เพียงผู้เดียว ส่งผลให้ขาดการควบคุมตรวจสอบ และไม่มีการถ่วงดุลการทำหน้าที่ของไวยาวัจกร เพราะไม่มีการกำหนดระยะเวลาการดำรงตำแหน่ง และเจ้าอาวาสสามารถเลือกไวยาวัจกรจากคนที่คุ้นเคยเพียงแค่คนเดียวเข้ามาทำหน้าที่จัดการผลประโยชน์ของวัดทั้งหมด
จากข้อเสนอนี้ เมื่อย้อนกลับมาดูปัญหาศาสนสมบัติของวัดดัง เช่น วัดสระเกศ ที่ตกเป็นเป้าหมายของการตรวจสอบอยู่ในขณะนี้ เบื้องต้นพบว่าวัดสระเกศมีทรัพย์สินและผลประโยชน์ที่เกี่ยวกับวัดสูงถึงระดับพันล้านบาท จึงมีการเตรียมตั้ง "รักษาการเจ้าอาวาส" เข้าไปทำหน้าที่ตรวจสอบ หลัง "พระพรหมสิทธิ" เจ้าอาวาส หลบหนีออกจากวัดไป ส่วนการตั้งเจ้าอาวาสถาวร เป็นอำนาจของมหาเถรสมาคม หรือ มส. ที่จะต้องหารือกับเจ้าคณะจังหวัดที่รับผิดชอบ แต่กรณีนี้ "เจ้าคณะกรุงเทพมหานคร" ก็ถูกดำเนินคดีด้วย (ซึ่งก็คือ พระพรหมดิลก เจ้าอาวาสวัดสามพระยา) จึงต้องมีการพิจารณาอีกครั้งว่าจะดำเนินการอย่างไรต่อไป