เมื่อเวลา 17.45 น.สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินถึงศาลาขจรประศาสน์ วัดชลประทานรังสฤษดิ์ ทอดผ้าไตรบังสุกุล 10 ไตร พระสงฆ์ทรงสมณศักดิ์ 10 รูป พิจารณาผ้าไตรบังสุกุล สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี ทรงพระราชทานเพลิงศพ พระพรหมมังคลาจารย์ (ปัญญานันทมหาเถระ) จากนั้น สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปริณายก ทรงเป็นประธานสงฆ์ในการวางดอกไม้จันทน์
โดยจากนั้นได้ เคลื่อนย้ายสรีรธาตุของหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุมาที่จิตกาธาน หรือเชิงตะกอน ที่ถูกเตรียมไว้ เพื่อใช้ใน พิธีสลายสรีรธาตุ ซึ่งจะทำอย่างเรียบง่ายที่สุด ในเวลา 22.00 น. ซึ่งจะคล้ายกับการสลายสรีรธาตุของท่านพุทธาสภิกขุ สหายธรรมของหลวงพ่อปัญญาฯ ซึ่งเป็นการเผาบนเชิงตะกอนกลางแจ้ง เป็นเจตนารมณ์ของหลวงพ่อปัญญาก่อนมรณภาพ
หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ มรณภาพด้วยอาการติดเชื้อในกระแสเลือด เมื่อวันที่ 10 ตุลาคม ปี2550 ณ โรงพยาบาลศิริราช สิริรวมอายุได้ 96 ปี 5 เดือน นับเป็นเวลา 10 ปี ที่รักษาสรีรธาตุไว้ที่วัด ก่อนที่ จะมีพิธีสลายสรีระสังขาร พระราชทานเพลิง ที่วัดชลประทานรังสฤษดิ์ ในวันนี้
โดยตลอด ทั้งวันนี้ มีประชาชน และศิษยานุศิษย์ เดินทางมาร่วมพิธีสลายสรีรธาตุพระราชทานเพลิง หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ กันอย่างแน่นวัด เต็มพื้นที่ภายในลานหินโค้ง พวกเค้าใช้เวลานี้ นั่งสมาธิสงบนิ่ง ปฏิบัติธรรม
ปฏิเสธ ไม่ได้ว่า เสียงของพระพรหมมังคลาจารย์ หรือ หลวงพ่อปัญญา นันทภิกขุ จะได้ยินทางวิทยุทุกวันอาทิตย์ ผ่านรายการปาฐกถาธรรมวันอาทิตย์ ทางสถานีวิทยุกระจายเสียงแห่งประเทศไทย ทำให้หลายคนจดจำท่านได้จากการเทศน์ผ่านทางวิทยุนี้
การเผยแผ่พระพุทธศาสนาอย่างตรงไปตรงมาตามพระธรรมวินัย ทำให้ หลวงพ่อปัญญา ได้ชื่อว่าเป็นนักเทศน์ที่ยิ่งใหญ่ที่สุดรูปหนึ่งที่สังคมไทยเคยมีมา ท่านมักออกมาเตือนสติ ชี้แนะหนทางที่ถูกต้องให้กับพุทธศาสนิกชน ไปฟังเสียงหลวงพ่อบางช่วงบางตอน ที่ถูกนำมาเผยแพร่ทางสปอตโทรทัศน์ เมื่อ 6 ปี ที่แล้ว
หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ มีโอกาสเดินทางไปเผยแผ่พุทธศาสนาในหลายประเทศ จนได้ชื่อว่าเป็นพระสงฆ์รูปแรกของเมืองไทยที่ไปประกาศธรรมในภาคพื้นยุโรป ช่วงหนึ่งท่านไปจำพรรษากับท่านพุทธทาสภิกขุ ที่สวนโมกขพลาราม จ.สุราษฎร์ธานี จนเป็นสหายธรรมเผยแพร่หลักธรรมตามหลักคำสอนขององค์พระสัมมาสัมพุทธเจ้า ตั้งแต่นั้นมา
