ถ้าไม่มีกระแสคัดค้านจากชาวนา การเก็บภาษีน้ำกับผู้ใช้น้ำมาก รวมถึงเกษตรกร ก็อาจถูกระบุลงในกฎหมายไปแล้ว
เรื่องนี้กลายเป็นที่วิพากย์วิจารณ์เมื่อกรมทรัพยากรน้ำ ออกมาเปิดเผยถึงรายละเอียดการจัดสรรน้ำ 3 ประเภท
คือหนึ่ง เพื่อการอุปโภคบริโภค และทำเกษตรเพื่อยังชีพ ไม่เก็บค่าน้ำ ประเภทที่ 2 แบ่งออกเป็น 3 กลุ่มคือกลุ่มเกษตรอุตสาหกรรม เช่นปลูกข้าวเกิน 50 - 1000 ไร่ เก็บค่าน้ำไม่เกิน 50 สตางค์ / ลบ.ม กลุ่ม 2 การท่องเที่ยว โรงแรม เก็บค่าน้ำ 1-3 บาท / ลบ.ม.
และประเภทที่ 3 คือภาคการเกษตรและอุตสาหกรรม ขนาดใหญ่ โรงไฟฟ้าขนาดใหญ่ เก็บค่าน้ำ ไม่เกิน 3 บาท /ลบ.ม
แต่หลักเกณฑ์ที่ว่านี้ ยังเป็นเพียงกรอบที่กรมทรัพยากรน้ำเสนอ ต่อคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาร่าง พ.ร.บ. ทรัพยากรน้ำ เท่านั้น และประธานคณะกรรมการวิสามัญก็เห็นว่า ยังไม่ควรที่จะแถลงข่าวออกไป
เมื่อเป็นกระแสคัดค้านการเก็บน้ำเกิดขึ้น ในร่าง พ.ร.บ.ทรัพยากรน้ำ หมวด 4 การจัดสรรน้ำ มาตรา 39 ที่แบ่งเป็น 3 ประเภทดังกล่าว จึงถูกคณะกรรมธิการวิสามัญแขวนไว้ เพื่อแก้ไข ไม่ให้กระทบต่อเกษตรกรรายย่อย
สภานิติบัญญัติแห่งชาติ ได้ให้กรมทรัพยากรน้ำ กลับไปทำกรอบหลักเกณฑ์การแบ่งประเภทกลุ่มที่ต้องเก็บค่าน้ำ และไม่ต้องเก็บค่าน้ำมาใหม่ แต่รอบนี้ อธิบดีกรมทรัพยากรน้ำปฏิเสธจะไม่ทำข้อมูลให้ หลังมีกระแสคัดค้าน
ความขัดแย้งระหว่างการจัดทำกฎหมายนี้ ทำให้กรอบระยะเวลาการประกาศใช้ต้องเลื่อนออกไป
คณะกรรมการวิสามัญพิจารณาร่างฯ บอกว่า นอกจาก มาตรา 39 แล้ว ในร่างกฎหมายนี้ยังมีอีกหลายมาตราที่ต้องแก้ไข ซึ่งคาดว่าจะตรวจ แก้ไข พิจารณารายมาตราแล้วเสร็จในเดือน มกราคม ปี 2561 ก่อนนำเข้าสู่การพิจารณาของสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติในวาระ 3 เพื่อลงความเห็นผ่านหรือไม่ผ่าน ร่างกฎหมาย ต่อไป