ส่วนการทำงานของ กรมสอบสวนคดีพิเศษ แบ่งภารกิจ เป็น 2 ส่วน คือ ชุดที่1 ชุดโอปะเรชั่น มีรองอธิบดีดีเอสไอ พ.ต.ต.สุริยา สิงหกมล เป็นผบ.ควบคุมสถานการณ์ มีผู้บัญชาการสำนักปฏิบัติการพิเศษ พ.ต.ต.จตุพล บงกชมาศ คุมกำลังชุดปฏิบัติการพิเศษ ดีเอสไอ อีก 150 คน
ชุดนี้จะประสานความร่วมมมือกับตำรวจ และกำลังพลจากหน่วยสนับสนุนอื่น เข้าตรวจค้นวัดธรรมกาย ตามที่ได้รับอมัติจากศาลอาญา มุ่งการจับกุม ผู้ต้องหา คือ 'ธัมมชโย' เป็นสำคัญ โดย ชุดโอปะเรชั่น จะได้การสนับสนุนจากชุดเซอร์เวย์ ทั้งภาคพื้นดินที่แทรกซึมอยู่ภายใน และโดยรอบวัด และภาพมุมสุงจากอากาศยานไร้คนขับบังคับระยะไกล เพื่อให้ทราบความเคลื่อนไหวของกลุ่มคนภายในวัดแบบเรียลไทม์ จะได้ไม่พลาดขณะลงมือปฏิบัติการ
ชุดที่2 คือ ชุดสอบสวน มี ผู้บัญชาการสำนักการเงิน การธนาคาร พ.ต.ท.ปกรณ์ สุชีวกุล เป็นหัวหน้าชุด มี พล.ต.ต.ชนะชัย ลิ้มประเสริฐ เป็นที่ปรึกษา คณะทำงานประกอบด้วย อัยการ ขจรศักดิ์ พุทธานุภาพ และทีมอัยการ 4-5 คน เป็นชุดเคลื่อนที่เร็ว ไม่ประจำจุด เมื่อได้ตัวผู้ต้องหา คือ 'ธัมมชโย' แล้ว ชุดนี้จะเข้าสอบปากคำ ขึ้นอยู่กับสถานการณ์ว่าจะสอบที่สภ.คลองหลวง หรือที่ดีเอสไอ เมื่อสอบปากคำแล้วจะแจ้งข้อหา 3 ข้อหา คือฟอกเงิน ร่วมกันฟอกเงิน และรับของโจร พร้อมแจ้งสิทธิ์ผู้ต้องหาตามกฎหมาย ขั้นตอนสุดท้ายคือพิมพ์ลายนิ้วมือทำประวัติ ถือว่าเสร็จสิ้นภารกิจแรก
จากนั้น ส่งผู้ต้องหาให้กับอัยการ จากนั้น เป็ดดุลพินิจของอัยการว่า จะให้ประกันตัวผู้องหา หรือไม่ กรณีที่ไม่ให้ประกันตัวอัยการจะส่งตัวผู้ต้องหาต่อศาลตามหมายจับที่ออกมากจากศาลอาญา