บ้านเรือนประชาชนและอาคารราชการพังเสียหายเป็นจำนวนมาก หลังเกิดเหตุแผ่นดินไหวรุนแรงอีกครั้งเมื่อเวลาราว 1.25 น. วันเสาร์ ตามเวลาท้องถิ่น หรือราว 23.25 น. วันศุกร์ตามเวลาในประเทศไทย โดยวัดความรุนแรงได้ 7.3 ตามมาตราริกเตอร์ โดยมีจุดศูนย์กลางแผ่นดินไหวอยู่ลึกลงจากผิวโลก 10 กิโลเมตร ที่เขตอะโสะ จ.คุมะโมโตะ ซึ่งมีความรุนแรงกว่าครั้งที่เกิดขึ้นเมื่อค่ำวันพฤหัสบดี มีรายงานล่าสุด พบผู้เสียชีวิตแล้วอย่างน้อย 8 ราย บาดเจ็บสาหัส 116 คน และเกิดอาฟเตอร์ช็อค ขนาด 5 ถึง 6 ตามมาอีกนับร้อยครั้ง รวมทั้ง 2 ครั้งยอดผู้เสียชีวิตรวม 17 ราย
ทั้งนี้ เมืองคุมาโมโตะอยู่ใกล้กับชายฝั่ง และหลังแผ่นดินไหวได้มีการประกาศเตือนสึนามิ แต่ได้ประกาศยกเลิกในอีกราว 1 ชั่วโมงถัดมา
ด้านเจ้าหน้าที่นิวเคลียร์ ยืนยันว่า โรงไฟฟ้านิวเคลียร์เซนได ไม่ได้รับความเสียหายจากแผ่นดินไหวแต่อย่างใด
ล่าสุด ณ เวลา 8:15 น. (ตามเวลาประเทศไทย) มีรายงานผู้เสียชีวิตเพิ่มเป็น 11 ราย