สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินเสนอให้นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติใช้อำนาจตามมาตรา44 ของรัฐธรรมนูญตั้งคณะทำงานร่วมฝ่ายฆราวาสและสงฆ์เพื่อพิจารณาคดีพระธัมมชโยว่าหน่วยที่เกี่ยวข้องปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบหรือไม่
หลังมีการร้องเรียนจากพระพุทธะอิสระขอให้ตรวจสอบกรณีเมื่อปี2549 อัยการสูงสุดมีคำสั่งถอนฟ้องคดีพระธัมมชโยว่าชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ ล่าสุดสำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินได้สรุปผลตรวจสอบว่า มีข้อสงสัยว่าอัยการสูงสุดในช่วงนั้นซึ่งได้ถอนฟ้อง มีการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบหรือไม่เพราะช่วง 7 ปีมีการเบิกความผู้เกี่ยวข้องถึง 92 ปากแต่สุดท้ายกับถอนฟ้องโดยอ้างเพื่อความปรองดอง และตรวจสอบพบว่าพระธัมมชโย ลงชื่อซื้อขายที่ดินโดยใช้เงินวัดและซื้อในนามตนเอง แม้ต่อมาจะมีการคืนทรัพย์สินให้วัดแต่ก็ล่วงเลยมาถึง 7 ปีก็ยังถือว่ากระทำผิดกฎหมายคณะสงฆ์
สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินมีข้อสงสัยด้วยว่า สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติละเลยปฏิบัติหน้าที่หรือไม่เพราะไม่ได้ดำเนินการตามพระลิขิตของสมเด็จพระสังฆราชในปี 2542 ที่ระบุว่า พระธัมชโยควรคืนทรัพย์สินให้วัด ซึ่งจะถือว่าไม่มีโทษ เพราะอาจไม่มีเจตนา แต่หากไม่ยอมคืน ถือว่าจงใจเอาทรัพย์สินเป็นของตนเอง มีโทษปาราชิกโดยหนังสือแจ้งเกี่ยวกับพระลิขิตเพื่อหารือในที่ประชุมมหาเถรสมาคมในปี 2542 ใช้คำว่าพระดำริจากเดิมเป็นคำว่าพระวินิจฉัยซึ่งความหมายต่างกัน และยังไม่มีหลักฐานยืนยันชัดเจนว่ามีการคืนเงินและทรัพย์สินให้วัดตั้งแต่เมื่อไหร่
สำนักงานผู้ตรวจการแผ่นดินยืนยันไม่มีอำนาจพิจารณาว่าอัยการสูงสุดปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ สำนักงานพระพุทธศาสนาละเลยปฏิบัติหน้าที่ รวมทั้งเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกายมีความผิดตามกฎหมายคณะสงฆ์และปาราชิกหรือไม่ แต่มีข้อเสนอให้นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ รวมถึงทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องควรทำเรื่องนี้ให้กระจ่างชัดโดยตั้งคณะทำงานขึ้นมาเพื่อให้ได้ข้อสรุปที่ชัดเจน