โครงการสร้างเขื่อนดอนสะโฮงของลาว สร้างความกังวลให้แก่ประเทศลุ่มน้ำโขง ถึงผลกระทบพันธุ์ปลาพันธุ์ที่อาจหายไป ขณะเดียวกันคณะกรรมมาธิการร่วมแม่น้ำโขงหรือ MRC ทั้งไทย กัมพูชาและเวียดนามต่างไม่เห็นด้วยกับการสร้างเขื่อนของลาว แต่ไม่สามารถคัดค้านได้
รองอธิบดีกรมทรัพยกรน้ำ นายบุญจง จรัสดำรงนิตย์ บอกว่า การสร้างเขื่อนดอนสะโฮงกำลังเข้าสู่การพิจารณาในระดับรัฐมนตรีในกรรมธิการร่วมแม่น้ำโขง ว่าจะมีมติก่อสร้างหรือไม่ แต่ลาวก็อ้างอธิปไตยในประเทศ ดังนั้นประเทศสมาชิกจึงทำได้เพียงหนังสือเวียนเกี่ยวกับความเห็น ซึ่งไทยได้ทำหนังสือเวียนว่าไม่ต้องให้สร้างเขื่อน เพราะอาจเกิดผลกระทบต่อพันธุ์ปลา